小鼠脊髓损伤单细胞图谱揭示脊髓小脑神经元的促再生特征

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/3aff0465-9ec0-4a90-9673-71b6b32de532

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脊髓损伤后，损伤远端组织中含有未受损细胞，这些细胞可支持或促进恢复。要靶向这些细胞，需要更清楚地了解它们的损伤反应和修复能力。在此，我们使用单核RNA测序来描绘小鼠胸段损伤后腰段脊髓中每种细胞类型的变化。我们呈现了急性和亚急性及慢性损伤脊髓中数十种细胞类型动态反应图谱。利用这一资源，我们发现了罕见的脊髓神经元，它们在损伤后表达再生特征，包括一个主要群体，代表脊髓小脑投射神经元。我们在解剖学上对这些细胞进行了表征，并观察到脊髓和小脑中的轴突保留、生长和重塑。总之，这项工作为研究细胞对损伤的反应提供了关键资源，并揭示了脊髓小脑神经元自发可塑性，为靶向治疗发现了一个潜在候选。疾病：正常、脊髓损伤。组织：脊髓。检测：10x 3‘ v2。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。