人类骨骼肌衰老图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/2d40e6a7-f2fd-49ba-9db9-6b97e4c6dad5

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

骨骼肌衰老增加了全球老年人年龄相关衰弱和肌少症的发生率，导致发病率和死亡率上升。然而，我们对肌肉衰老的细胞和分子机制的理解仍远未完善。在此，我们基于15名覆盖成人全生命周期的供体，构建了骨骼肌衰老的单细胞和单核转录组图谱，并结合成像技术进行了肌纤维分型。我们的图谱揭示了作用于肌肉不同区域的衰老机制，包括肌肉干细胞、肌纤维和肌肉微环境。首先，我们发现了驱动肌肉干细胞衰老的两种机制，即核糖体生物合成减少和炎症增加。其次，我们鉴定出一组细胞核群体，解释了快肌纤维优先退化的现象，并提出两种补偿其损失的机制。重要的是，我们鉴定出一个神经肌肉接头附属群体，有助于肌纤维补偿年龄相关的去神经支配。

第三，我们揭示了多种微环境细胞类型通过产生细胞因子和趋化因子吸引免疫细胞，从而促成衰老肌肉炎症微环境。最后，我们提供了一个可比较的小鼠肌肉衰老图谱，并进一步研究了跨物种间保守和特异的衰老标志。总之，我们通过结合不同的数据模式，呈现了一个全面的人类骨骼肌衰老资源，这极大地扩展了我们对肌肉生物学和衰老的理解。疾病：正常。组织：后肢肌肉，肋间肌。检测方法：10x 3’ v2，10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。