小鼠脊髓细胞类型及其空间组织的统一图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/554fe96e-832b-4651-ac1b-a2df9a6735c3

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单细胞RNA测序数据能够揭示细胞类型的分子多样性。近年来，小鼠脊髓的细胞类型图谱已相继发表，但尚未整合在一起。在此，我们基于单细胞转录组数据生成了一个脊髓细胞类型图谱，将现有数据集统一到一个共同的参考框架中。我们报告了出生后细胞类型关系的层级结构，其中位置提供最高级别的组织，其次是神经递质状态、家族，最后是数十个精细的细胞群体。我们验证了每种神经元细胞类型的组合标记代码，并绘制了它们在成年脊髓中的空间分布。我们还展示了出生后细胞类型之间复杂的谱系关系。疾病：正常。组织：脊髓背角、腰段脊髓、脊髓、脊髓小脑束。检测方法：10x 3‘ v1、10x 3’ v2、Drop-seq、基于Fluidigm C1的SMARTer文库制备、SCRB-seq、SPLiT-seq。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。