利用Breasi-CRISPR在小鼠体内建模MPPH综合征

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aa1a12e016c4c5d5f26de45870ac70b592da1b3e993d32e63fdadcb7e093343d0

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基因检测的日益普及和可负担性导致了众多与神经发育障碍相关的新变异被识别出来。目前仍需方法来分析这些变异的功能影响。一些方法，如在细胞培养中表达这些变异，可能较为迅速，但缺乏生理背景。其他方法，如构建全小鼠模型，可能提供生理准确性，但成本高昂且耗时。我们最近开发了一项技术——Breasi-CRISPR（Brain Easi-CRISPR），通过将CRISPR-Cas9试剂电穿孔导入发育中的小鼠大脑，实现对神经前体细胞的高效基因组编辑。由于Breasi-CRISPR极其迅速，并能在体内分析目标基因，我们想知道这项技术是否能加速单基因神经发育障碍的研究。

在此，我们使用Breasi-CRISPR来模拟巨脑-轴后多指-多小脑回-脑积水……，# 数据来源：使用Breasi-CRISPR在体内模拟MPPH综合征数据集DOI：10.5061/dryad.8sf7m0d4c ## 数据及文件结构描述 所有数据均来自荧光显微镜，按照论文材料与方法部分所述进行获取。 ### 文件与变量 每个压缩文件包含用于生成图中图表的所有处理过和原始数据。 * Figure_1.zip包含原始*.ND2文件（NIKON专有格式的原始采集）、处理后的图像（用于量化的旋转和裁剪图像）、.XML文件（由Fiji细胞计数器插件生成），以及一个包含所有量化数据的Excel文件。 - Figure_2.zip包含两个子文件夹，一个用于Ccnd2hi图表，另一个用于图中的信号强度分布。"信号强度分布"文件夹包含原始.ND2文件（NIKON专有格式的原始采集）、通过"Plot Pr"生成的CSV文件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。