MAFLD猪模型纤维化细胞通讯单核转录组数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE249237

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数据说明

本研究旨在利用表达人源化风险基因（PNPLA3I148M-GIPRdn-hIAPP）的转基因猪（TG）作为MAFLD模型，揭示纤维化肝脏中的细胞串扰。研究采用单核测序技术，揭示MAFLD发展过程中肝脏各类细胞群体的分化及相互作用特征。与野生型猪（WT）相比，模型猪血浆中神经降压素和磷脂酰丝氨酸水平显著升高，同时伴有胰岛素抵抗和HDL-c水平显著降低。经6个月高脂高蔗糖饮食诱导后，模型猪表现出明显的肝脏病理特征，包括脂肪沉积、炎性细胞聚集、纤维化及胰岛素信号通路受阻。单核转录组测序鉴定出肝脏中六种主要细胞类型，相关性分析显示猪与人在肝细胞簇、分区及功能方面具有相似性。中央静脉附近的肝细胞及肝窦内皮细胞（LSECs）对代谢变化敏感，最先表现出功能受损和数量减少。

模型猪肝星状细胞中纤维化相关通路和Rap1通路被激活，而视黄醇代谢下降，活化肝星状细胞数量增加。模型猪肝脏中巨噬细胞的分化方向与WT猪明显不同；前者向M1表型分化，高表达MHC-II抗原呈递分子、多种细胞因子、吞噬体及溶酶体相关基因。相比之下，WT猪肝脏中的巨噬细胞主要向M2表型分化，表达与免疫调节和组织损伤修复相关的基因。肝星状细胞、内皮细胞与M1型巨噬细胞之间存在活跃的细胞相互作用，促进慢性炎症和纤维化的发展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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