UPP：UPenn 蛋白质组学研究
组织来自背外侧前额叶皮层。人类死后组织是在适当的机构审查委员会（IRB）方案下获取的。神经炎性斑分布的死后神经病理评估依据阿尔茨海默病登记联盟（CERAD）标准进行[1]，而神经原纤维缠结病理的扩散程度则用 Braak 分期系统评估[2]
基本信息
资源简介
UPP：UPenn 蛋白质组学研究
UPP 是一个以脑组织蛋白质组学为核心的研究数据集，其英文全称为 Perelman School of Medicine UPenn Proteomics（UPP）study。该数据集聚焦于神经系统疾病，尤其是阿尔茨海默病相关研究，所分析的组织来自背外侧前额叶皮层。这些人类死后组织是在适当的机构审查委员会（IRB）方案下获取的，并经过系统的神经病理学评估。具体而言，神经炎性斑分布的评估依据阿尔茨海默病登记联盟（CERAD）标准进行，而神经原纤维缠结病理的扩散程度则采用 Braak 分期系统加以判定。该数据集还包含病例的元数据信息，如年龄、性别、死后间隔以及神经病理学标准等，为阿尔茨海默病及相关神经退行性病变的研究提供了组织与病理评估基础。
【数据集背景】
UPP 数据集来源于 Perelman School of Medicine UPenn Proteomics 研究，其脑组织样本取自 University of Pennsylvania School of Medicine Brain Bank 的尸检收集库。该研究关注神经系统疾病，特别是阿尔茨海默病，属于蛋白质组学层面的研究资源。脑库为研究提供了死后人脑组织，这些组织在适当的机构审查委员会（IRB）方案下获取，确保了样本采集的伦理合规性。研究涉及的脑区为背外侧前额叶皮层，这是阿尔茨海默病病理研究中常被关注的区域之一。通过结合神经病理学评估与蛋白质组学分析，该数据集旨在支持对阿尔茨海默病及相关神经病理特征的深入探索。
【数据内容】
该数据集的核心内容为来自背外侧前额叶皮层的人死后脑组织，以及与之相关的病例元数据和神经病理学评估信息。病例元数据包括年龄、性别、死后间隔、神经病理学标准等。神经病理学评估涵盖两个方面：一是神经炎性斑分布的评估，依据 CERAD 标准进行；二是神经原纤维缠结病理的扩散程度，采用 Braak 分期系统判定。此外，其他神经病理学诊断也按照既定标准和指南作出。这些内容共同构成了一个包含组织样本、病理分级和病例背景信息的研究资源。关于蛋白质组学数据的具体类型、规模或检测平台，源站未提供。
【采集与来源】
脑组织来源于 University of Pennsylvania School of Medicine Brain Bank 的尸检收集库。组织取自背外侧前额叶皮层。人类死后组织是在适当的机构审查委员会（IRB）方案下获取的。死后神经病理学评估由相关研究人员按照 CERAD 标准和 Braak 分期系统进行，其他神经病理学诊断则依据既定标准和指南完成。该数据集的来源站为 synapse.org。关于样本采集的具体时间范围、样本量或供体数量，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病及相关神经系统疾病的研究，尤其是涉及背外侧前额叶皮层蛋白质组学的分析。由于包含 CERAD 标准和 Braak 分期等神经病理学评估信息，可用于探索神经炎性斑和神经原纤维缠结病理与分子层面改变之间的关系。病例元数据中的年龄、性别、死后间隔等信息可用于协变量分析或分层研究。此外，该数据集也可用于神经病理学标准与蛋白质组学数据整合的方法学研究。关于具体适用场景的更多细节，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。用户可访问 synapse.org 获取该数据集，但关于数据下载、访问权限、预处理步骤或分析工具等信息，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的组织获取遵循 IRB 方案，神经病理学评估依据 CERAD 标准和 Braak 分期系统等既定标准进行，其他神经病理学诊断也按照相关指南完成，这为数据质量提供了一定保障。然而，关于样本量、数据完整性、批次效应、蛋白质组学数据的具体质量指标等，源站未提供。此外，该数据集仅涉及背外侧前额叶皮层，可能无法代表其他脑区的病理特征。关于其他潜在限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式或许可信息。用户在使用时需自行查阅 synapse.org 上的相关说明。关于数据共享政策、使用条款或版权信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn21411742
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
###The Perelman School of Medicine UPenn Proteomics (UPP) study Brain tissue used in this study was obtained from the autopsy collections of the University of Pennsylvania School of Medicine Brain Bank. Tissue was from the dorsolateral prefrontal cortex. Human postmortem tissues were acquired under proper Institutional Review Board (IRB) protocols. Postmortem neuropathological evaluation of neuritic plaque distribution was performed according to the Consortium to Establish a Registry for Alzheimer’s Disease (CERAD) criteria [1], while extent of spread of neurofibrillary tangle pathology was assessed with the Braak staging system [2]. Other neuropathologic diagnoses were made in accordance with established criteria and guidelines [3, 4]. All case metadata, including age, sex, post-mortem interval, neuropathological criteria, and summary disease status, are provided in metadata associated with the UPP release. Show More References 1. Mirra SS, Heyman A, McKeel D, Sumi SM, Crain BJ, Brownlee LM, Vogel FS, Hughes JP, van Belle G, Berg L: The Consortium to Establish a Registry for Alzheimer’s Disease (CERAD). Part II. Standardization of the neuropathologic assessment of Alzheimer’s disease. Neurology 1991, 41:479-486. 2. Braak H, Braak E: Neuropathological stageing of Alzheimer-related changes. Acta Neuropathol 1991, 82:239-259. 3. Gelb DJ, Oliver E, Gilman S: Diagnostic criteria for Parkinson disease. Arch Neurol 1999, 56:33-39. 4. Ince PG, Ince PG, Lowe J, Shaw PJ: Review. Neuropathology and Applied Neurobiology 1998, 24:104-117.
数据加载示例（图像类）
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import glob, os
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# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
