未经 EGCG 孵育的阿尔茨海默病 Tau 配对螺旋丝

已进行增益和暗场校正的帧。11520 8184 0.539 基于结构的小分子发现。主题标签:阿尔茨海默病、Tau 蛋白、配对螺旋丝、冷冻电镜、神经系统疾病、EMPIAR-11303

biostudies
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医学影像图像分割阿尔茨海默病Tau 蛋白配对螺旋丝冷冻电镜神经系统疾病EMPIAR-11303
Tau Paired Helical Filament from Alzheimer's Disease not incubated with EGCG

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

未经 EGCG 孵育的阿尔茨海默病 Tau 配对螺旋丝

Tau Paired Helical Filament from Alzheimer's Disease not incubated with EGCG 是一个面向神经系统疾病特别是阿尔茨海默病研究的冷冻电镜数据集,归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向,来源站为 ebi.ac.uk。该数据集围绕阿尔茨海默病相关的 Tau 蛋白配对螺旋丝展开,提供未与 EGCG 共孵育条件下的多帧电影图像数据,属于结构生物学与基于结构的小分子发现研究中的原始成像资料。数据以未对齐的多帧电影显微图像形式组织,文件格式为 multiframe TIFF,并已完成增益和暗场校正,可用于后续图像处理、结构解析及相关方法学研究。

【数据集背景】

该数据集的主题聚焦于阿尔茨海默病中的 Tau 蛋白配对螺旋丝。阿尔茨海默病是常见的神经系统疾病,Tau 蛋白异常聚集形成的配对螺旋丝是其重要病理特征之一。本数据集特别标明样本未与 EGCG 共孵育,这一条件区分了不同实验处理状态下的成像数据,有助于在结构研究中比较或排除 EGCG 处理带来的影响。数据集与“基于结构的小分子发现”这一研究方向相关,说明其潜在用途包括支撑小分子与 Tau 配对螺旋丝相互作用的结构基础研究。来源站为 ebi.ac.uk,对应 EMPIAR-11303 条目。

【数据内容】

数据内容为未对齐的多帧电影显微图像,具体为 2.5 版本的未对齐多帧电影显微照片。文件格式为 multiframe TIFF,数据类型标注为 UNSIGNED BYTE。图像尺寸信息包括 11520 和 8184,像素尺寸为 0.539。数据总量或帧数相关数值为 2651 和 48。这些帧已经过增益和暗场校正。电子剂量为 1.66 e/A^2。以上为数据内容中明确给出的技术参数,未提及的字段源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,对应 EMPIAR-11303。样本为来自阿尔茨海默病的 Tau 配对螺旋丝,且未与 EGCG 共孵育。采集方式为冷冻电镜多帧电影成像,输出未对齐的多帧电影显微图像。电子剂量为 1.66 e/A^2,帧已进行增益和暗场校正。关于具体的显微镜型号、探测器、放大倍数、采集地点、采集时间等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于冷冻电镜图像处理流程中的前期数据输入,例如多帧电影对齐、帧合并、增益与暗场校正后的图像评估等。由于样本为阿尔茨海默病相关的 Tau 配对螺旋丝,且未与 EGCG 共孵育,可用于 Tau 蛋白配对螺旋丝的结构研究,以及基于结构的小分子发现相关研究。主题标签包括阿尔茨海默病、Tau 蛋白、配对螺旋丝、冷冻电镜、神经系统疾病、EMPIAR-11303,表明其适用领域集中在神经系统疾病与结构生物学交叉方向。其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 multiframe TIFF 格式提供未对齐的多帧电影显微图像,使用者可依据冷冻电镜常规处理流程进行后续处理。由于帧已完成增益和暗场校正,使用时可在此基础上开展帧对齐、颗粒挑选、二维分类、三维重构等步骤。电子剂量为 1.66 e/A^2,像素尺寸为 0.539,图像尺寸为 11520 和 8184,这些参数可用于处理流程中的尺度与剂量相关设置。关于具体软件、参数配置和推荐流程,源站未提供。

【质量与限制】

数据已完成增益和暗场校正,电子剂量为 1.66 e/A^2,像素尺寸为 0.539,图像尺寸为 11520 和 8184。数据为未对齐的多帧电影图像,因此在使用前通常需要自行完成对齐等处理。该数据集明确为未与 EGCG 共孵育的样本,因此不适用于直接代表 EGCG 处理条件下的结构状态。关于分辨率、数据完整性、信噪比、缺失信息等质量评估细节,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ebi.ac.uk,对应 EMPIAR-11303。关于具体的引用方式、文献出处、许可条款和使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/EMPIAR-11303

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

EMPIAR-11303 阿尔茨海默病来源的Tau蛋白配对螺旋丝,未经EGCG孵育 2.5 未对齐的多帧电影显微照片 - 多帧TIFF 2651 48 无符号字节 剂量为1.66 e/A^2。增益和暗场校正后的帧。11520 8184 0.539 基于结构的小分子发现

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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