阿尔茨海默病Tau配对螺旋丝与EGCG孵育1小时数据集
EMPIAR-11302 阿尔茨海默病Tau配对螺旋丝与EGCG孵育1小时 3.7 未对齐多帧电影显微图像 - 多帧TIFF 3890 48 无符号字节 剂量为1.2 e/A^2
基本信息
资源简介
阿尔茨海默病Tau配对螺旋丝与EGCG孵育1小时数据集
Tau Paired Helical Filament from Alzheimer's Disease incubated 1 hr. with EGCG 是一个来源于电子显微镜公共图像存档库（EMPIAR）的结构生物学数据集，编号为 EMPIAR-11302。该数据集记录了阿尔茨海默病相关的Tau蛋白配对螺旋丝（Paired Helical Filament）在体外与表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）共同孵育1小时后的冷冻电镜成像结果。数据以未对齐的多帧电影显微图像形式提供，属于神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病研究领域的基础结构数据，可用于后续的图像处理、三维重构以及小分子与病理蛋白相互作用机制的研究。
【数据集背景】
阿尔茨海默病是最常见的神经退行性疾病之一，其病理特征之一是神经元内由过度磷酸化Tau蛋白聚集形成的配对螺旋丝结构。Tau配对螺旋丝是构成神经原纤维缠结的主要成分，与疾病进展密切相关。EGCG是一种天然多酚类化合物，已知能够干预Tau蛋白的聚集过程。本数据集正是围绕Tau配对螺旋丝与EGCG孵育后的样品开展冷冻电镜成像，为在近原子分辨率下观察小分子对病理纤维结构的影响提供原始图像数据。源站描述中提及“Structure-based discovery of small molecules”，表明该数据服务于基于结构的药物发现研究。
【数据内容】
该数据集的核心内容是未对齐的多帧电影显微图像（Unaligned multi-frame movies micrographs），格式为多帧TIFF。数据集中包含3890个电影文件，每个文件的像素数据为48位无符号字节（UNSIGNED BYTE）格式。图像的像素尺寸为11520 × 8184，像素大小为0.539。这些电影图像记录了同一视野下多帧连续采集的信号，保留了电子剂量分帧信息，便于后续进行漂移校正和剂量加权处理。
【采集与来源】
数据来源于电子显微镜公共图像存档库（ebi.ac.uk），源站编号为EMPIAR-11302。采集过程中电子剂量为1.2 e/A^2。图像已经过增益和暗场校正（Gain and dark corrected frames），即对探测器响应不均一和暗电流噪声进行了预处理。样品为阿尔茨海默病来源的Tau配对螺旋丝，与EGCG孵育1小时。其余采集参数如加速电压、探测器型号、放大倍数、总帧数等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于冷冻电镜单颗粒分析流程中的图像预处理、漂移校正、CTF估计、颗粒拾取、二维分类和三维重构等环节。由于样品涉及Tau配对螺旋丝与EGCG的相互作用，该数据可用于研究小分子如何结合并潜在改变病理纤维的构象或聚集状态。此外，该数据集也可作为方法学测试数据，用于评估未对齐多帧电影图像处理算法的性能，或用于阿尔茨海默病相关结构生物学的教学与培训。
【使用方法】
使用者可将多帧TIFF格式的电影图像导入常用的冷冻电镜图像处理软件，如RELION、cryoSPARC或Warp等，进行运动校正和剂量加权。由于图像已进行增益和暗场校正，可直接进入后续处理步骤。像素尺寸0.539和电子剂量1.2 e/A^2可用于标定物理尺度和剂量加权参数。未对齐的特性意味着使用者需要自行完成帧对齐。源站未提供具体的处理脚本或推荐参数。
【质量与限制】
该数据集提供了增益和暗场校正后的多帧电影图像，电子剂量较低（1.2 e/A^2），有利于减少辐射损伤。像素尺寸0.539表明具有较高的采样率。然而，数据集仅包含未对齐的原始电影，未提供对齐后的平均图像、CTF参数、颗粒坐标或三维重构结果。此外，源站未提供样品纯度、纤维分布均匀性、成像时的散焦范围等质量评估信息。使用者需自行评估数据质量并完成后续处理。
【引用与许可】
该数据集来源于EMPIAR，编号为EMPIAR-11302。源站未提供具体的引用文献、DOI、许可协议或使用限制。使用者应访问EMPIAR源站页面获取最新的引用要求和许可条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/EMPIAR-11302
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
EMPIAR-11302 阿尔茨海默病来源的Tau蛋白配对螺旋丝与EGCG孵育1小时。3.7 未对齐的多帧电影显微照片 - 多帧TIFF 3890 48 无符号字节 剂量为1.2 e/Å^2。增益和暗场校正后的帧。11520 8184 0.539 基于结构的小分子发现
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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