阿尔茨海默病Tau蛋白配对螺旋丝(加入D-肽解聚剂前)
EMPIAR-13497 阿尔茨海默病Tau蛋白配对螺旋丝(加入D-肽解聚剂前)5.6 阿尔茨海默病Tau配对螺旋丝,加入D-肽解聚剂前的显微图像 - 多帧TIFF 13239 40 UNSIGNED BYTE 11520 8184 0.55 短肽如何解聚

基本信息
资源简介
阿尔茨海默病Tau蛋白配对螺旋丝(加入D-肽解聚剂前)
Tau Paired Helical Filament from Alzheimer's Disease before addition of D-peptide disaggregants 是一个来源于电子显微镜公共图像归档(EMPIAR)的数据集,编号为 EMPIAR-13497。该数据集记录的是阿尔茨海默病相关的 Tau 蛋白配对螺旋丝(Paired Helical Filaments)在加入 D-肽解聚剂之前的显微图像,属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病这一分类方向。数据集的核心内容是一批多帧 TIFF 格式的显微图像,可用于观察 Tau 蛋白配对螺旋丝在未经短肽处理时的原始形态。相关研究背景涉及短肽如何解聚 Tau 纤维这一科学问题,因此该数据集可作为解聚实验的对照或起始状态记录,为后续分析提供基础图像资料。
【数据集背景】
该数据集聚焦于阿尔茨海默病中的 Tau 蛋白病理聚集形式。Tau 蛋白配对螺旋丝是阿尔茨海默病神经原纤维缠结的主要结构成分,其异常聚集与疾病进程密切相关。数据集的名称明确指向“加入 D-肽解聚剂之前”的状态,说明其记录的是解聚干预前的基线样本。源站描述中提及“How short peptides disassemble”,表明该数据与短肽解聚机制的研究相关。本站分类将其归入神经系统疾病 / 阿尔茨海默病,进一步明确了其疾病领域归属。
【数据内容】
数据集包含的是显微图像,具体为多帧 TIFF 格式。根据源站描述,图像数据为 13239 帧,数据类型为 40 UNSIGNED BYTE,图像尺寸为 11520 × 8184,像素间距或相关参数为 0.55。这些图像记录的是阿尔茨海默病 Tau 配对螺旋丝在加入 D-肽解聚剂之前的形态。数据集名称中的“5.6”可能对应某种版本或子集标识,但源站未提供其具体含义。整体而言,数据内容以原始显微图像为主,未包含其他类型的衍生数据或分析结果。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk,即欧洲生物信息研究所(EBI)下属的 EMPIAR 数据库,编号 EMPIAR-13497。源站描述提供了图像的技术参数,包括帧数、数据类型、尺寸和像素相关数值。采集的具体实验条件、仪器型号、放大倍数、曝光时间等信息,源站未提供。样本制备方法、D-肽解聚剂的具体成分与浓度、实验时间点等信息,源站未提供。数据来源站为公开的电子显微镜图像归档,属于公共数据资源。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病 Tau 蛋白配对螺旋丝的结构与形态研究,尤其是作为短肽解聚实验的对照基线。研究人员可利用这些图像分析 Tau 纤维在未处理状态下的外观、周期性结构或聚集形态。此外,该数据集也可用于图像处理方法的开发与验证,例如多帧 TIFF 图像的配准、平均、分类或三维重建等。由于数据记录的是“加入 D-肽解聚剂之前”的状态,它特别适合与处理后样本进行对比,以评估解聚效果。源站描述中提及“How short peptides disassemble”,提示该数据可服务于短肽解聚机制的相关研究。
【使用方法】
使用者可通过 ebi.ac.uk 上的 EMPIAR 数据库访问该数据集,编号为 EMPIAR-13497。数据以多帧 TIFF 格式提供,可使用常规电子显微镜图像处理软件打开,如 RELION、cryoSPARC、EMAN2 或 Fiji/ImageJ 等。由于图像尺寸较大(11520 × 8184),处理时可能需要较高的计算资源与内存。使用者可根据研究目的选择全部或部分帧进行后续分析,例如运动校正、CTF 估计、颗粒挑选、二维分类或三维重构。源站未提供具体的处理流程或推荐参数,使用者需依据自身实验设计决定分析方法。
【质量与限制】
该数据集为原始显微图像,未提供经过处理或重建后的地图或模型。源站描述中给出了帧数、数据类型、尺寸和像素相关数值,但未提供分辨率评估、信噪比、对比度等质量指标。数据仅涵盖“加入 D-肽解聚剂之前”的状态,不包含处理后样本的图像,因此无法直接用于解聚效果的对比分析。样本来源、纯度、聚集状态等信息,源站未提供。此外,数据仅以多帧 TIFF 格式提供,未包含元数据文件或实验记录,可能限制对采集条件的完整理解。使用者应注意这些限制,并结合其他数据或实验进行综合判断。
【引用与许可】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,编号 EMPIAR-13497。源站描述中提及“How short peptides disassemble”,可能指向相关研究论文,但具体的引用文献、作者列表、发表年份等信息,源站未提供。许可条款、使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。使用者在引用或使用该数据集时,应直接访问 EMPIAR 数据库页面,查看最新的引用要求与许可声明。建议在使用前确认数据的具体使用条件,并遵循源站的相关规定。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/EMPIAR-13497
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
EMPIAR-13497 Tau Paired Helical Filament from Alzheimer’s Disease before addition of D-peptide disaggregants 5.6 Alzheimer’s Tau Paired Helical Filaments, before addition of D-peptide disaggregants micrographs - multiframe TIFF 13239 40 UNSIGNED BYTE 11520 8184 0.55 How short peptides disassemble
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