ROSMAP 乳头体研究
这些研究包括每年采集的临床数据、详细的死后病理评估，以及广泛的遗传、表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组 bulk 组织图谱 [1]
基本信息
资源简介
ROSMAP 乳头体研究
ROSMAP_MammillaryBody 是一个来源于 synapse.org 的神经科学数据集，归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。该数据集提供了来自 32 个个体的单核 RNA 测序（snRNAseq）数据，这些个体均来自宗教秩序研究与拉什记忆与衰老项目（Religious Orders Study and Rush Memory and Aging Project，ROSMAP）。ROSMAP 是两项正在进行的、针对衰老与痴呆的纵向临床-病理队列研究，所有参与者均为脑捐献者。该数据集依据 NIA-Regan 病理诊断标准，将个体分为“有阿尔茨海默病病理”与“无阿尔茨海默病病理”两组，其中 13 例为有 AD 病理（8 名女性、5 名男性），19 例为无病理（11 名女性、8 名男性），两组在受教育年限和死亡年龄方面保持均衡。
【数据集背景】
该数据集所属的 ROSMAP 项目是两项持续开展的纵向临床-病理队列研究，聚焦于衰老与痴呆。所有参与者均为脑捐献者，这使得研究能够在个体生前临床数据与死后病理评估之间建立直接联系。ROSMAP 项目本身包含每年采集的临床数据、详细的死后病理评估，以及广泛的遗传、表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组 bulk 组织图谱。ROSMAP_MammillaryBody 作为其中一个子研究，专门针对乳头体（Mammillary Body）区域提供 snRNAseq 数据，旨在从单核转录组层面探索阿尔茨海默病相关的病理变化。该数据集在分类上归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病，来源站为 synapse.org。
【数据内容】
本数据集的核心内容是 snRNAseq 数据，来自 32 个个体。根据 NIA-Regan 病理诊断标准，这些个体被二分为“有 AD 病理”和“无 AD 病理”两类。具体而言，有 AD 病理组包含 13 个个体，其中女性 8 名、男性 5 名；无病理组包含 19 个个体，其中女性 11 名、男性 8 名。两组在受教育年限和死亡年龄上进行了平衡。除 snRNAseq 数据外，源站描述还提及 ROSMAP 项目整体包含每年采集的临床数据、详细的死后病理评估，以及遗传、表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组 bulk 组织图谱，但本数据集是否包含这些附加数据层，源站未提供明确说明。
【采集与来源】
数据来源于 ROSMAP 项目，该项目由宗教秩序研究与拉什记忆与衰老项目组成，均为正在进行的纵向临床-病理队列研究。所有参与者均为脑捐献者，研究包含每年采集的临床数据、详细的死后病理评估，以及多组学 bulk 组织图谱。本数据集的 snRNAseq 数据即从这些脑捐献者的乳头体区域获取。数据来源站为 synapse.org。关于具体的测序平台、建库方法、测序深度、细胞核捕获数量、质量控制参数等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于阿尔茨海默病相关的神经科学研究，尤其是针对乳头体区域在 AD 病理中的转录组变化分析。由于数据包含有 AD 病理与无 AD 病理两组个体，且两组在受教育年限和死亡年龄上均衡，可用于比较两组之间单核转录组的差异，探索细胞类型特异性表达变化、疾病相关基因表达调控等。此外，结合 ROSMAP 项目整体的临床与病理数据，可能支持将 snRNAseq 数据与生前临床表型、死后病理评分进行关联分析。但具体适用场景需依据源站提供的完整描述确定，源站未提供更详细的适用建议。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、分析工具推荐等。用户需访问 synapse.org 获取该数据集的进一步信息。
【质量与限制】
该数据集包含 32 个个体，样本量相对有限。有 AD 病理组 13 例（8 女、5 男），无病理组 19 例（11 女、8 男），两组在受教育年限和死亡年龄上进行了平衡，这有助于减少潜在混杂因素。然而，源站未提供关于测序质量、细胞核数量、基因检出数、批次效应校正等质量控制信息。此外，该数据集仅针对乳头体区域，可能无法推广到其他脑区。其他潜在限制，源站未提供。
【引用与许可】
源站描述中提及了参考文献 [1]，但未提供完整的引用信息、许可条款或数据使用协议。用户需访问 synapse.org 查看具体的引用要求和许可条件。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn50670858
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
The ROSMAP Mammillary Body Study (ROSMAP_MammillaryBody) This study provides snRNAseq data from 32 individuals from the Religious Orders Study and Rush Memory and Aging Project (ROSMAP), both ongoing longitudinal clinical-pathologic cohort studies of aging and dementia in which all participants are brain donors. The studies include clinical data collected annually, detailed post-mortem pathological evaluations, and extensive genetic, epigenomic, transcriptomic, proteomic, and metabolomic bulk-tissue profiling [1]. NIA-Regan pathologic diagnosis of intermediate- or high-likelihood was used to dichotomize individuals pathologic AD or not pathologic AD. This study contains 13 individuals with AD-pathology (8 females and 5 males) and 19 individuals with no-pathology (11 females and 8 males). AD-pathology and no-pathology groups were balanced for years of education and age of death. Details of the clinical and pathological data collection methods have been previously reported [1–5]. Show more Literature Cited 1. Bennett, D. A. et al. Religious Orders Study and Rush Memory and Aging Project. J. Alzheimers. Dis. 64, S161–S189 (2018). 2. Wilson, R. S. et al. Temporal course and pathologic basis of unawareness of memory loss in dementia. Neurology 85, 984–991 (2015). 3. Bennett, D. A. et al. Natural history of mild cognitive impairment in older persons. Neurology 59, 198–205 (2002). 4. Bennett, D. A., Schneider, J. A., Wilson, R. S., Bienias, J. L. & Arnold, S. E. Neurofibrillary tangles mediate the association of amyloid load with clinical Alzheimer disease and level of cognitive function. Arch. Neurol. 61, 378–384 (2004). 5. Bennett, D. A., Schneider, J. A., Tang, Y., Arnold, S. E. & Wilson, R. S. The effect of social networks on the relation between Alzheimer’s disease pathology and level of cognitive function in old people: a longitudinal cohort study. Lancet Neurol. 5, 406–412 (2006).
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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