阿尔茨海默病小鼠模型的肠道微生物组

该数据集来自 NCBI BioProject(编号 PRJNA1475830),主题为阿尔茨海默病小鼠模型的肠道微生物组,数据以 Raw sequence reads 形式提供

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1475830: The gut microbiota in a mouse model of Alzheimer disease

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

阿尔茨海默病小鼠模型的肠道微生物组

PRJNA1475830 是 NCBI BioProject 数据库中收录的一个生物项目,标题为“The gut microbiota in a mouse model of Alzheimer disease”,即阿尔茨海默病小鼠模型的肠道微生物组。该项目归属于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病这一分类,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。从项目主题来看,其关注的是在阿尔茨海默病小鼠模型中肠道微生物群的组成或变化情况,所提供的数据类型为 Raw sequence reads,即原始测序读长。BioProject 作为生物数据的集合性记录,旨在将围绕同一研究计划产生的多种数据类型汇聚到统一入口,便于用户查找和访问。因此,该项目可作为研究阿尔茨海默病与肠道微生物组关联的原始测序数据入口,适合需要从 NCBI 获取相关原始序列读长的研究人员使用。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJNA1475830,英文标题为“The gut microbiota in a mouse model of Alzheimer disease”。从标题可知,项目围绕阿尔茨海默病小鼠模型中的肠道微生物组展开。阿尔茨海默病属于神经系统疾病,而肠道微生物组研究通常关注微生物群落的组成、丰度及潜在变化。BioProject 的设计目标是为源自单一机构或联合体的某一研究计划提供集中式记录,使用户能够在一个位置找到该项目所产生的多种数据类型链接。因此,该项目在 NCBI 体系内承担着汇聚相关生物数据的角色,其主题明确指向阿尔茨海默病小鼠模型与肠道微生物组的交叉领域。

【数据内容】

该项目提供的数据主题标签为 Raw sequence reads,即原始测序读长。这意味着项目所生成或关联的数据以原始序列读长形式存在,通常可用于后续的微生物组分析,例如序列比对、分类学注释或群落结构分析。除原始测序读长这一数据类型外,关于具体样本数量、测序平台、读长长度、目标基因区域、数据总量等信息,源站未提供。项目本身作为 BioProject 记录,主要提供指向不同数据类型的链接入口,而非直接展示所有分析结果。

【采集与来源】

该项目的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号为 PRJNA1475830,源站标题为“ID 1475830 - BioProject - NCBI”。根据 BioProject 的一般定义,其记录可来自单一组织或联合体,并围绕某一研究计划汇集生物数据。关于该项目的具体提交机构、样本采集地点、小鼠模型品系、实验条件、测序中心等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于项目主题与数据类型,该数据集适用于需要获取阿尔茨海默病小鼠模型肠道微生物组原始测序读长的研究场景。例如,研究人员可利用这些原始序列读长开展微生物群落组成分析、差异丰度分析或与其他微生物组数据集的比较分析。由于数据以 Raw sequence reads 形式提供,适合具备生物信息学处理能力的用户进行二次分析。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定人群研究,源站未提供相关信息。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号 PRJNA1475830 的记录页面,并从该入口查找与项目关联的原始测序读长数据。BioProject 记录通常提供指向不同数据类型的链接,用户可据此定位到相应的序列数据资源。关于具体的下载方式、数据格式、分析流程或推荐工具,源站未提供。使用时应遵循 NCBI 相关数据访问与使用规范。

【质量与限制】

该项目的数据类型为 Raw sequence reads,属于原始测序数据,通常需要经过质量控制、过滤和生物信息学处理后方可用于下游分析。关于该项目的测序质量、数据完整性、样本量、覆盖度、潜在批次效应或技术偏差等信息,源站未提供。此外,该项目基于小鼠模型,其结论向人类阿尔茨海默病的推广需谨慎对待。源站未提供关于数据质量评估或限制的具体说明。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可条款或使用限制,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 及关联数据的通用引用与使用政策。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1475830

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含在阿尔茨海默病小鼠模型中对肠道微生物群-铁-脑轴进行年龄依赖性研究时生成的原始研究数据。该研究包括1月龄和18月龄的WT和APP小鼠。采用三种互补方法对粪便样本进行分析:使用16S rRNA基因测序进行肠道微生物群分析,

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