野生型与5xFAD小鼠牙龈内注射Aa来源胞外囊泡后脑组织Visium HD空间转录组
数据覆盖阿尔茨海默病模型小鼠与对照小鼠的脑空间转录组信息，可用于研究牙周致病菌来源囊泡对脑组织基因表达空间分布的影响，以及神经炎症、淀粉样病变等相关机制（来源 NCBI）
基本信息
资源简介
野生型与5xFAD小鼠牙龈内注射Aa来源胞外囊泡后脑组织Visium HD空间转录组
PRJNA1472277 是一个聚焦阿尔茨海默病与口腔—脑轴关联的空间转录组学项目，研究对象为野生型小鼠与 5xFAD 阿尔茨海默病模型小鼠，处理方式为龈内注射伴放线聚集杆菌来源的细胞外囊泡，随后采集脑组织进行 Visium HD 空间转录组测序。该数据集属于神经系统疾病中的阿尔茨海默病方向，数据主题为原始测序读段，可用于探索牙周致病菌来源囊泡对脑组织基因表达空间分布的影响，以及神经炎症、淀粉样病变等相关机制。项目记录托管于 NCBI BioProject，编号 1472277。
【数据集背景】
该数据集所属方向为神经系统疾病中的阿尔茨海默病。研究以 5xFAD 小鼠作为阿尔茨海默病模型，以野生型小鼠作为对照，并引入龈内注射伴放线聚集杆菌来源细胞外囊泡这一干预条件。这一设计将牙周致病菌来源囊泡与脑组织基因表达的空间分布联系起来，指向口腔微生物成分经龈内途径影响中枢神经系统的可能机制。项目关注的下游机制包括神经炎症与淀粉样病变等与阿尔茨海默病密切相关的病理过程。
【数据内容】
该数据集的核心内容为野生型与 5xFAD 小鼠在龈内注射伴放线聚集杆菌来源细胞外囊泡后脑组织的 Visium HD 空间转录组数据。数据主题标签为原始测序读段，说明其提供的是测序产生的原始读段层面的信息。空间转录组的特点在于能够在保留脑组织空间位置信息的前提下获取基因表达数据，因此该数据集可用于比较不同基因型、不同处理条件下脑组织各区域基因表达的空间分布差异。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI BioProject，源站标题为 ID 1472277 - BioProject - NCBI，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录，通常来自单一机构或联合体，并为用户提供统一入口以查找该项目产生的多种数据类型。该项目的具体实验流程、样本数量、测序平台与建库细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究牙周致病菌来源囊泡对脑组织基因表达空间分布的影响，也可用于探索神经炎症、淀粉样病变等相关机制。由于同时包含野生型与 5xFAD 模型小鼠，并叠加了龈内注射处理，适合开展基因型与处理因素之间交互作用的分析，以及脑组织不同空间区域表达特征比较。此外，该数据也可作为口腔—脑轴研究方向的空间转录组参考数据。
【使用方法】
该数据集以原始测序读段形式提供，使用时可从 NCBI BioProject 记录出发，查找该项目关联的数据类型与下载入口。具体的分析流程、参考基因组版本、比对与定量参数，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 层面的项目记录，提供的是项目索引与关联数据的入口。样本量、测序深度、数据完整性、批次效应等质量相关信息，源站未提供。使用时应结合原始读段自行评估数据质量。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1472277
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本BioProject包含来自野生型(WT)和5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠FFPE脑组织切片的基于NGS的Visium HD空间转录组分析的原始测序数据。主要数据集研究齿龈内注射牙周病原体伴放线聚集杆菌来源的细胞外囊泡后脑内空间基因表达变化。主要实验组包括WT Con、WT EV、5xFAD Con和5xFAD EV。EV组小鼠每周两次在上颌磨牙间齿龈内注射伴放线聚集杆菌来源的细胞外囊泡，持续12周。额外的恢复样本WT Rec和5xFAD Rec作为补充恢复数据纳入。恢复组小鼠接受相同的12周EV注射方案，随后在组织采集前进行3周无额外EV注射的自发恢复期。空间转录组文库由Macrogen使用10x Genomics Visium HD Spatial Gene Expression for FFPE library v1 - Mouse (6.5 mm)试剂盒在Illumina NovaSeq 6000平台上制备并测序。
这些数据支持对小鼠大脑中基因型和EV注射相关空间转录变化进行比较分析，并进一步评估注射后的恢复情况。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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