PRJNA1455418:转录组分析

数据以原始测序读段形式提供,属于转录组层面的生物数据集合,可用于神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病相关的转录组分析研究。源站未提供样本数量、物种、测序平台及具体实验设计等细节(来源 NCBI)

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1455418: Transcriptome Analysis

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1455418:转录组分析

PRJNA1455418: Transcriptome Analysis 是 NCBI BioProject 数据库中的一项转录组数据集合,归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。该数据集以原始测序读段(Raw sequence reads)的形式提供,属于转录组层面的生物数据集合,可用于神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病相关的转录组分析研究。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的一组生物数据的集合,其记录为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1455418 - BioProject - NCBI”。源站未提供样本数量、物种、测序平台及具体实验设计等细节。

【数据集背景】

该数据集属于 NCBI 的 BioProject 体系。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一机构或联合体发起的一组生物数据的集合,其记录为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型。本站将该数据集分类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向,主题标签为原始测序读段。源站未提供该项目的具体研究背景、立项机构、资助来源及研究目标等细节。

【数据内容】

该数据集的数据以原始测序读段形式提供,属于转录组层面的生物数据集合。其主题标签为 Raw sequence reads,表明数据的基本形态为测序仪产出的原始读段。源站未提供样本数量、物种、测序平台、读长、数据量及具体实验设计等细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1455418 - BioProject - NCBI”。作为 BioProject 记录,其设计目的是为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的多种数据类型。源站未提供样本采集地点、采集时间、伦理审批信息及具体提交机构等细节。

【适用场景】

依据本站分类与主题标签,该数据集可用于神经系统疾病尤其是阿尔茨海默病相关的转录组分析研究。由于数据以原始测序读段形式提供,适合开展转录组层面的数据处理与分析工作。源站未提供该数据集的具体适用分析流程、目标基因或通路等细节。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 记录所提供的统一入口进行查找与访问,进而获取该项目所产生的多种数据类型。由于数据以原始测序读段形式提供,使用时可依据转录组分析的一般流程进行处理。源站未提供具体的下载方式、文件格式、数据组织方式及配套分析工具等细节。

【质量与限制】

该数据集以原始测序读段形式提供,属于转录组层面的生物数据集合。源站未提供样本数量、物种、测序平台及具体实验设计等细节,也未提供数据质量评估指标、质控结果及批次信息等。因此,在缺乏上述信息的情况下,对该数据集的具体适用范围与结论外推需保持谨慎。源站未提供其他质量与限制相关信息。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“ID 1455418 - BioProject - NCBI”。源站未提供该数据集的引用方式、许可条款及使用限制等细节。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1455418

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该RNA-seq数据集旨在研究阿尔茨海默病(AD)研究背景下,CD22敲低后小胶质细胞的转录变化。研究使用小鼠原代小胶质细胞,样本分为两组:对照组(Ctrl)和通过慢病毒转导实现Cd22敲低组(shCd22),每组均有生物学重复。数据显示,Cd22缺陷导致广泛的基因表达重编程,包括AD风险基因Inpp5d的下调,以及吞噬作用和溶酶体功能相关通路的富集。该数据集支持以下发现:CD22通过调控INPP5D-AKT信号轴抑制小胶质细胞对淀粉样蛋白β的清除,并为理解CD22在AD中小胶质细胞功能障碍中的作用提供了资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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