脑长读长cDNA发现项目
BioProject 记录汇集了由单一机构或联盟发起的同一项研究计划所产生的多种数据类型,并提供统一入口链接到该项目生成的数据

基本信息
资源简介
脑长读长cDNA发现项目
PRJNA1008058: ebbert_lab_brain_long_read_cDNA_discovery_project 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目记录,本站将其归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病方向。该记录的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其关联的数据类型以原始序列读段为主。BioProject 作为生物数据集合的载体,旨在将源自单一机构或联盟的同一项研究计划所产生的多种数据类型汇聚于一处,并为用户提供统一入口,以便查找和访问该项目生成的数据。该项目名称中的“brain”“long read”“cDNA”等要素提示其与脑组织、长读长测序及 cDNA 相关,但具体的研究目标、样本构成与数据规模需以源站记录为准。
【数据集背景】
该数据集对应的是一条 BioProject 记录,编号为 1008058,英文名称为 ebbert_lab_brain_long_read_cDNA_discovery_project。BioProject 的设立初衷是围绕单一研究计划或倡议,将来自同一组织或联盟的生物学数据进行集中管理。此类记录并不直接等同于某一类原始数据文件,而是作为项目层面的索引与入口,帮助使用者定位该项目所涉及的各种数据类型。本站将其归入神经系统疾病 / 阿尔茨海默病分类,说明该项目的主题与神经系统疾病领域相关,尤其可能与阿尔茨海默病研究存在关联。源站标题为“ID 1008058 - BioProject - NCBI”,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
该记录的主题标签为“Raw sequence reads”,即原始序列读段。这意味着该项目所关联的数据以测序产生的原始读段为主要形式。项目名称中包含“long read”与“cDNA”,提示其数据可能涉及长读长测序技术以及互补 DNA 相关材料,但具体覆盖哪些样本、采用何种平台、产生多少数据量,源站未提供。BioProject 记录本身提供的是指向该项目所生成多种数据类型的链接入口,而非对数据内容的逐项罗列。因此,关于数据内容的具体构成,需通过源站进一步查看。
【采集与来源】
该记录来源于 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 数据库。BioProject 记录通常由单一机构或联盟发起,用于汇集同一项研究计划下的生物学数据。该项目的具体发起机构、样本采集地点、采集时间、伦理审批信息以及测序实施单位等,源站未提供。项目名称中的“ebbert_lab”可能指向某个实验室,但源站未提供进一步说明,无法据此推断更多细节。
【适用场景】
该数据集适用于需要查找或获取与脑组织、长读长 cDNA 测序相关的原始序列读段的用户。由于本站将其归类于神经系统疾病 / 阿尔茨海默病,相关领域的研究人员可能将其作为探索阿尔茨海默病及相关神经科学问题的数据入口之一。BioProject 的统一入口特性也使其适合用于跨数据类型检索,例如从项目层面了解某一研究计划所涉及的数据范围。具体适用场景需结合源站记录及关联数据判断,源站未提供明确的适用建议。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,编号为 1008058。BioProject 记录提供统一入口,链接到该项目生成的各种数据类型。用户可据此定位原始序列读段等数据,并进一步下载或分析。具体的数据访问方式、下载链接、文件格式及分析工具,源站未提供。使用时应遵循 NCBI 及数据提供方的相关要求。
【质量与限制】
该记录为 BioProject 项目层面的索引记录,其本身不直接代表数据质量。原始序列读段的质量取决于测序过程与后续处理,源站未提供相关质量指标。该项目的样本量、测序深度、覆盖度、数据完整性等信息,源站未提供。此外,项目名称中的“discovery project”提示其可能具有探索性质,但源站未提供具体结论或验证信息。使用者应注意,BioProject 记录仅提供入口与链接,不保证关联数据的完整性或可用性。
【引用与许可】
该记录的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,引用时应遵循 NCBI 的引用规范。该项目的具体许可条款、数据使用限制、是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。使用者应直接查阅源站记录及相关数据页面,以获取准确的引用格式与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1008058
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
此处提供的所有数据均已去标识化。这些数据也可通过SYNAPSE获取:https://www.synapse.org/#!Synapse:syn52047893/wiki/622953。Synapse还包含由Guppy basecaller输出的带有“sequencing_summary”信息的“.txt”文件。#### 数据描述 #### 数据集包含来自Brodmann 9/46区(前额叶背外侧皮层)的12份死后老化脑样本。我们拥有6例阿尔茨海默病(AD)病例和6例对照的样本。在6例AD病例中,3例为男性,3例为女性。在6例对照中,3例为男性,3例为女性。每个样本使用一个完整的Oxford Nanopore PromethION流动池进行测序。我们使用了SQK-PCS11试剂盒(PCR扩增的cDNA测序)。在过滤掉所有映射质量<10的读数后,测序平均每个样本产生3550万条比对读数。此存储库包含所有原始“.fastq”测序文件。所有这些数据均使用gzip压缩,可在“Files”下找到。样本的元数据可在“Files”下的“sample_metadata.tsv”文件中找到。#### 更多信息 #### 更多信息可在随这些数据发表的原始文章和/或与该文章相关的GitHub中获得。
GitHub:https://github.com/UK-SBCoA-EbbertLab/brain_cDNA_discovery 文章:https://doi.org/10.1038/s41587-024-02245-9 用于分析原始出版物中该数据的处理后数据(计数矩阵、扩展注释等……)和注释可通过Zenodo访问:Zenodo:https://doi.org/10.5281/zenodo.8180677 原始文章中分析的本仓库数据可通过以下网页界面轻松查询和可视化:https://ebbertlab.com/brain_rna_isoform_seq.html
数据缺失?
依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。




