整合代谢组学-基因组学通路分析数据集
整合代谢组学-基因组学通路分析研究（IntegrativePathwayAnalysis）研究参与者：阿尔茨海默病神经影像学倡议（ADNI） 本研究的 fasting serum 样本代谢物取自阿尔茨海默病神经影像学倡议第一阶段（ADNI-1）及其后续扩展阶段（ADNI-GO/2）（adni.lon
基本信息
资源简介
整合代谢组学-基因组学通路分析数据集
IntegrativePathwayAnalysis（整合代谢组学-基因组学通路分析研究）是一个聚焦于神经系统疾病、特别是阿尔茨海默病的数据集，收录于 synapse.org 平台。该研究以阿尔茨海默病神经影像学倡议（ADNI）的参与者为基础，围绕 fasting serum 样本中的代谢物展开，旨在通过整合代谢组学与基因组学的通路分析，探索与阿尔茨海默病相关的生物学机制。数据集所属分类为神经系统疾病 / 阿尔茨海默病，其研究人群、样本来源与 ADNI 队列紧密关联，为理解阿尔茨海默病及相关认知障碍的代谢与遗传基础提供了数据支撑。
【数据集背景】
该研究的背景建立在阿尔茨海默病神经影像学倡议（ADNI）之上。ADNI 于 2003 年启动，是一项公私合作项目，由首席研究员 Michael W. Weiner（医学博士）领导，参与者从美国及加拿大 50 多个站点招募。ADNI 数据集包含系列 MRI 和 PET 扫描、纵向 CSF 标志物、神经心理学测试评分以及临床评估。ADNI 队列涵盖认知正常老年人（CN）、有显著记忆担忧者（SMC）、轻度认知障碍（MCI）以及阿尔茨海默病（AD）患者，年龄范围为 55 至 90 岁。IntegrativePathwayAnalysis 研究正是在这一框架下，针对 fasting serum 样本中的代谢物开展整合代谢组学-基因组学通路分析。
【数据内容】
该数据集的核心内容为来自 fasting serum 样本的代谢物数据，这些样本取自 ADNI 第一阶段（ADNI-1）及其后续扩展阶段（ADNI-GO/2）。研究以代谢组学与基因组学的整合通路分析为方向，结合 ADNI 队列中已有的影像、CSF 标志物、神经心理学测试和临床评估等多模态信息。关于代谢物的具体种类、数量、检测平台、基因组学数据的具体类型与规模，源站未提供。
【采集与来源】
样本来源为阿尔茨海默病神经影像学倡议（ADNI）的参与者。 fasting serum 样本的代谢物取自 ADNI-1 及其后续扩展阶段 ADNI-GO/2。ADNI 的参与者从美国及加拿大 50 多个站点招募，ADNI 于 2003 年启动，由 Michael W. Weiner 医学博士担任首席研究员。ADNI 数据集本身包含系列 MRI 和 PET 扫描、纵向 CSF 标志物、神经心理学测试评分以及临床评估。关于本研究中代谢物检测的具体采集流程、时间点、样本处理与质控细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于围绕阿尔茨海默病及相关认知障碍的整合代谢组学-基因组学通路分析研究。其参与者覆盖认知正常老年人（CN）、有显著记忆担忧者（SMC）、轻度认知障碍（MCI）以及阿尔茨海默病（AD）患者，年龄在 55 至 90 岁之间，因此可用于涉及不同认知状态人群的代谢与遗传通路探索。结合 ADNI 的 MRI、PET、CSF 标志物、神经心理学测试和临床评估，该数据集也可支持多模态关联分析。关于具体的适用分析类型、研究设计或应用案例，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据访问方式、下载途径、预处理步骤、分析工具或代码示例等。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估、数据完整性、批次效应、样本量、缺失值处理或使用限制的具体说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用协议信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
需登录公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://synapse.org/Synapse:syn25474536
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
整合代谢组学-基因组学通路分析研究（IntegrativePathwayAnalysis）研究参与者：阿尔茨海默病神经影像学倡议（ADNI） 本研究从阿尔茨海默病神经影像学倡议第一阶段（ADNI-1）及其后续扩展阶段（ADNI-GO/2）获取了空腹血清样本中的代谢物数据（adni.loni.usc.edu）。ADNI于2003年作为公私合作项目启动，由首席研究员Michael W. Weiner医学博士领导，参与者从美国和加拿大50多个站点招募。ADNI数据集包括系列MRI和PET扫描、纵向CSF标志物、神经心理学测试评分和临床评估。ADNI队列包括认知正常的老年人（CN）、有显著记忆担忧者（SMC）、轻度认知障碍（MCI）和AD患者，年龄55-90岁（http://www.adni-info.org/）。ADNI数据集包括结构性MRI和PET扫描、纵向CSF标志物以及神经心理学和临床评估的表现。此外，ADNI样本还具有APOE和全基因组基因分型数据、转录组学和全基因组测序数据。
定量代谢组学由阿尔茨海默病代谢组学联盟（https://sites.duke.edu/adnimetab/）使用ADNI样本和Biocrates AbsoluteIDQ p180（Biocrates Life Sciences AG，奥地利因斯布鲁克）平台进行。血清代谢物的定量，包括氨基酸、酰基肉碱、鞘磷脂（SMs）、磷脂酰胆碱（PCs）、己糖（h1s）和生物胺，采用先前发表的方法完成[1-3]。流动注射分析-串联质谱（FIA-MS/MS）用于分析酰基肉碱、脂质和h1s。使用配备电喷雾离子源的AB SCIEX 4000 QTrap质谱仪（AB SCIEX，德国达姆施塔特）进行液相色谱-串联质谱（HPLC-MS/MS）分析，用于检测氨基酸和生物胺。每种代谢物的浓度以μM为单位测量[1]。血液代谢物
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
