灵长类大脑性别偏倚基因与人类神经系统疾病及快速分子进化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE180092

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人类在多种精神疾病和神经发育障碍的患病率和表现上存在性别差异，包括阿尔茨海默病、自闭症谱系障碍（ASD）和精神分裂症；然而，这些疾病的“组学”、发育和环境基础仍然难以捉摸。为了阐明这些机制及其相互作用，并确定潜在的治疗方法，我们需要来自模型生物的大型、性别特异性的神经生物学数据集，这些模型生物的大脑表现出与人类相似的特征，包括可比较的性别差异。在现有模型中，恒河猴可能具有最大的转化相关性；然而，有必要对该物种大脑性别差异进行全面分析，以证明其与人类性别偏倚疾病的相关性。我们对恒河猴大脑转录组（RNA-seq）中的性别差异进行了深入研究，涵盖了来自36个自由放养成年个体（20雌/16雄）的15个区域的527个样本，代表了该物种最大的批量脑基因表达数据集合。

我们在整个恒河猴大脑中鉴定出数百个性别偏向基因，其中大多数在各脑区之间共享，提示存在趋同的调控机制。与人类大脑研究类似，这些性别偏向基因受性激素及与这些激素相互作用的转录因子调控，男性偏向基因与多种人类性别偏向性神经系统疾病（如ASD、精神分裂症）和能量代谢相关，女性偏向基因则与免疫反应相关。我们还能够根据每个脑区相对少量的基因准确预测性别，并发现，在人类中被报道逃逸X染色体失活的基因中，类似的基因在人类各组织以及本数据集中对性别的预测能力最强。最后，我们证明性别偏向基因具有促进快速进化的特征，包括一种倾向

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。