阿尔茨海默病人脑蛋白质组与磷酸化蛋白质组的全局定量分析

数据集获取

源站：https://synapse.org/Synapse:syn20820053

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数据说明

人脑组织 人脑死后组织取自背外侧前额叶皮质（额叶皮质，Brodmann 9区），来源于Emory阿尔茨海默病研究中心（ADRC）脑库。总共使用了来自3个组的27个样本（对照组n=10，AsymAD组n=8，AD组n=9）进行脑蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析。根据阿尔茨海默病登记联盟（CERAD）标准27对Aβ斑块分布进行死后神经病理学评估，而神经原纤维缠结病理的程度则依据Braak分期系统28进行评估。所有病例的元数据，包括疾病状态、死亡年龄、性别、性染色体及载脂蛋白（ApoE）基因型，均列于补充表1[数据引用1]中。脑组织匀浆和蛋白质消化的步骤基本按照先前描述的方法进行22。

约100 mg（湿组织重量）的脑灰质组织在500 μL 8 M尿素裂解缓冲液（8 M尿素，100 mM Na2HPO4，pH 8.5）中匀浆，缓冲液中含有HALT蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物（ThermoFisher），使用Bullet Blender（NextAdvance）进行匀浆。样品在4 °C下以约100 μL不锈钢珠（0.9至2.0 mm混合珠，NextAdvance）匀浆两个完整的5分钟循环。将裂解液转移至新的Eppendorf LoBind管中，随后进行3个循环的超声处理，每个循环包括30%振幅下5秒的主动超声，超声脉冲之间在冰上孵育15秒。随后样品在15,000 g下离心5分钟，将上清液转移至新管中。在进一步处理之前，分别通过二辛可宁酸（BCA）测定法（Pierce）和SDS-PAGE检测蛋白质浓度和完整性。对于蛋白质消化，取每个样品500 μg进行分装，并用额外的裂解缓冲液将体积归一化。样品用1 mM二硫苏糖醇（DTT）还原30分钟，随后

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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