cEpiReg
cEpiReg是一个整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据的多模态生物医学数据集，包含顺式调控元件、转录因子与目标基因的调控网络信息，主要用于研究阿尔茨海默病的遗传学调控机制，揭示疾病发病过程中的隐藏调控链接，为疾病机制解析和靶点发现提供数据支持。
基本信息
资源简介
cEpiReg是一个综合数据库，旨在阐明阿尔茨海默病（AD）遗传学中复杂的基因调控机制。该数据集通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（sc-ATAC-seq）数据，识别顺式调控元件（CREs），并与ENCODE、Epimap、GWAS Catalog等公共数据库进行比较。项目构建了一个连接转录因子（TFs）、CREs和目标基因的调控网络框架，揭示了AD发病机制中潜在的隐藏调控链接，为理解AD的遗传基础和寻找治疗靶点提供资源。
下载信息
注册下载
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暂未开放公开下载
Tips: 该数据集属于公开下载，应该可以免费公开下载。
免登录有偿下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放千方医数集，医疗数据集部分，是为社区服务的公开医疗数据集搜索引擎，并不存储或者下载原始的任何数据。 如果您有其他医疗数据需求，可以和客服联系，或者下工单。我们有强大的三甲医疗机构帮助您提供个性化的医疗数据定制、采集、标注服务。
使用方式
数据集获取
git clone https://github.com/jawa23bio/cEpiReg.git
curl -L -o repo.zip https://github.com/jawa23bio/cEpiReg/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip
源站 README 摘录（使用方式）
cEpiReg
cEpiReg constructs a comprehensive database elucidating the intricate regulatory mechanisms underlying Alzheimer’'s Disease (AD) genetics. Through integrating data from scRNA seq and sc-ATAC seq, we identified the cis-regulatory elements (CREs) by comparing our results against various databases like ENCODE, Epimap, and publicly available datasets. This project establishes a robust framework connecting transcription factors (TFs), CREs, and target genes. cEpiReg uncovers hidden regulatory links that could piece together missing links crucial for understanding AD pathogenesis.
Website can be reached at https://bioed.bu.edu/students_24/Team_10/Team-10_database.html
Created by Neha Rao, Bhavana Kapalli, and Jawahar Mahendran
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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