阿尔茨海默数据透镜

阿尔茨海默病-omics数据分析与可视化平台,提供生物信息学管道和网络界面。

ayushnooriayushnoori
GitHub
2021-12-16 更新
浏览 24
基因组阿尔茨海默病基因组数据

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2021-12-16

资源简介

Alzheimer DataLENS是一个开放的数据分析平台,旨在通过分析、可视化和共享-omics数据来推进阿尔茨海默病研究。该平台包含生物信息学管道,用于分析阿尔茨海默病及相关痴呆症的-omics数据,并提供简化的网络界面,使神经科学家能够浏览和查询这些分析的结果。

原始链接

https://github.com/ayushnoori/datalens

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使用方式

数据集获取

git clone https://github.com/ayushnoori/datalens.git

curl -L -o repo.zip https://github.com/ayushnoori/datalens/archive/refs/heads/master.zip
unzip repo.zip

源站 README 摘录(使用方式)

Installation

DataLENS is an R Shiny web application
with an HTML/CSS/JavaScript front-end, an R back-end, and a
MongoDB database.

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

完整仓库:github.com/ayushnoori/datalens

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