受限植物糖苷在gingipain K裂口中的非极性埋藏锚定

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.21963484

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 2.39 GB。

数据说明

概述 本仓库包含支持手稿《一种受限植物糖苷在牙龈蛋白酶K裂隙中的非极性埋藏锚定》的计算数据集、原始计算输出、参数文件及补充材料。该研究评估了Symplocos racemosa的植物化学代谢组对Porphyromonas gingivalis赖氨酸-牙龈蛋白酶（Kgp；PDB：6I9A）和人单胺氧化酶A（MAO-A；PDB：2Z5X）的作用，旨在干预牙周炎-阿尔茨海默病轴。这些数据支持将benzoylsalireposide（CID_10369077）鉴定为一种可局部部署的非共价抗毒力支架，其特征为药代动力学受限（TPSA > 140 Ų），并由Kgp催化裂隙内的非极性埋藏驱动。数据集结构 本仓库按7个目录组织，严格对应研究中执行的多尺度计算机模拟工作流程：01_Biological_Prediction/：来自PASS Online和PASS GERO的原始预测谱，包含植物化学库的活性概率（Pa）和非活性概率（Pi）值。

02_ADMET/：包含在评估过的一致性平台（SwissADME、ADMETlab 3.0、ProTox-3.0、Deep-PK、admetSAR 3.0、ADMET-AI）上获得的理化性质、吸收和毒性筛选结果的原始数据集。包括区室分配矩阵。03_Docking/：Kgp和MAO-A的预处理受体结构（.pdb）、配体3D结构，以及原始对接输出文件，包括生成的结合构象和相互作用谱。04_MD_and_MMGBSA/：用于确保精确可重复性的GROMACS（v2023.4）参数文件（运行输入文件.mdp、系统拓扑文件.top和起始坐标文件.gro）。还包括所有模拟复合物的原始终点自由能分解表（gmx_MMPBSA）。注：由于Zenodo文件大小限制（>50 GB/系统），原始未压缩的200 ns轨迹文件（.xtc/.trr）未包含在内，但可在合理请求下向通讯作者获取。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。