非癌成纤维细胞受限迁移后核与3D基因组变化可逆性

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A8f7b80a768fe4df4ab4172d4207754cd321b6d53a4703e52faa819a15aca7449

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

转移性癌细胞和健康成纤维细胞必须穿过狭窄的收缩空间才能到达继发部位。我们此前已表明，经过多次收缩性迁移的人黑色素瘤（A375）细胞，其细胞核形态和三维基因组结构会发生稳定的改变，并经历从低迁移状态到高迁移状态的稳定表型转变。在本研究中，我们探究成纤维细胞（BJ-5ta）——其非癌性且具有固有迁移能力以履行伤口修复中的角色——在收缩性迁移后是否经历细胞核和三维基因组的变化。虽然BJ-5ta细胞在连续尝试中并未逐渐提高迁移能力，但对迁移后经Lamin A/C和DAPI染色的细胞进行共聚焦显微镜分析显示，这些细胞在收缩性迁移后确实经历了细胞核变形。然而，与在癌细胞中观察到的稳定变化不同，这些变形在增殖后恢复至未迁移水平……收缩性迁移实验：使用孔径为5µm的Transwell滤膜（VWR-10769-236）。每个滤膜底部包被40µL浓度为10µg/µL的纤连蛋白（Corning，354008）约30分钟。

将100,000个BJ-5ta细胞置于100µL完全补充培养基中，放入Transwell小室的上室，下室加入500µL完全补充培养基。让细胞过夜贴壁。次日，将上室和下室的培养基均替换为DMEM与1×Medium 199按4：1比例混合的培养基，但以1% BSA替代10% FBS。细胞过夜饥饿处理。次日，将下室培养基替换为DMEM与Medium 199按4：1比例混合、并补充20% FBS和5 µg/mL FGF（Gibco，PHG0368V）的培养基。对于连续多轮迁移，将迁移后的细胞接种至24孔板的新孔中扩增。当细胞达到80–90%汇合度时，按前述方法再次进行Transwell迁移实验。仅下室细胞

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。