cBioPortal:腺样囊性癌(Sanger/MDA,JCI 2013)

腺样囊性癌是一种相对少见的恶性肿瘤,可发生于唾液腺等部位,具有独特的临床与分子特征,也因此成为肿瘤基因组学研究关注的对象之一

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基因组分类acyc
cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (Sanger/MDA, JCI 2013)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

cBioPortal:腺样囊性癌(Sanger/MDA,JCI 2013)

该数据集为腺样囊性癌(Adenoid Cystic Carcinoma,ACC)的全外显子测序数据集合,由 Sanger 研究所与 MDA 完成,成果发表于 2013 年的 JCI,并以 Adenoid Cystic Carcinoma (Sanger/MDA, JCI 2013) 为标题收录于 cBioPortal 平台。

【数据集背景】

腺样囊性癌是一种相对少见的恶性肿瘤,可发生于唾液腺等部位,具有独特的临床与分子特征,也因此成为肿瘤基因组学研究关注的对象之一。本数据集在 cBioPortal 中以英文名称 cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (Sanger/MDA, JCI 2013) 呈现,源站标题为 Adenoid Cystic Carcinoma (Sanger/MDA, JCI 2013),平台分类归入肿瘤 / 其他,并配有主题标签 acyc,便于在平台内检索与归类。数据集所对应的研究工作由 Sanger 研究所与 MDA 共同完成,并于 2013 年发表在 JCI 上。至于该研究的具体科学问题、研究设计思路、样本纳入与排除标准、以及研究结论等信息,源站未提供。

【数据内容】

按照源站的描述,该数据集的核心内容是 Whole exome sequencing of 24 ACCs,即对 24 例腺样囊性癌样本开展全外显子测序。据此可知,其数据类型属于全外显子层面的测序数据,样本规模为 24 例,研究对象为腺样囊性癌。关于具体的突变基因清单、变异类型构成、突变负荷数值、拷贝数信息、临床注释字段、随访数据以及样本的分组情况等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 cbioportal.org,属于 cBioPortal 收录的肿瘤基因组数据集之一。其原始研究工作由 Sanger 研究所与 MDA 开展,发表年份为 2013 年,刊物为 JCI,对应的文献标识为 pmid:23778141。关于样本的采集方式、测序平台与试剂、捕获区间范围、序列比对与变异检出的分析流程、以及数据加工与入库的具体步骤,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于腺样囊性癌相关的基因组学探索,例如在 cBioPortal 平台上浏览该癌种的基因变异情况,或将本数据集与平台上其他肿瘤数据集进行对照参考。对于关注少见肿瘤分子特征的研究者而言,它可作为一项可检索、可浏览的外部数据资源。至于该数据集被推荐用于哪些具体分析任务、是否适合作为某项研究的验证队列,源站未提供相应的说明。

【使用方法】

该数据集托管于 cBioPortal 平台,使用者可通过 cbioportal.org 进行在线浏览与查询,并借助主题标签 acyc 定位到该数据集。关于平台内具体的访问路径、检索入口、可视化模块的操作方式、数据下载的文件格式与途径、以及是否存在接口调用方式等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集覆盖 24 例腺样囊性癌样本,样本量相对有限。除此之外,有关测序深度、覆盖均一性、数据完整性、质控指标、批次效应、数据版本与更新记录等方面的信息,源站未提供。使用者在解读结果时,应留意上述信息的缺失情况,并结合自身研究需求判断是否适用。

【引用与许可】

在引用该数据集或其对应研究时,可参考其来源站 cbioportal.org、数据集标题 Adenoid Cystic Carcinoma (Sanger/MDA, JCI 2013) 以及文献标识 pmid:23778141。关于该数据集的具体许可协议、使用条款、商业用途限制及二次分发规定,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=acyc_sanger_2013

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Whole exome sequencing of 24 ACCs.

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