cBioPortal:腺样囊性癌(MGH,Nat Gen 2016)

来源站给出的说明是 Whole-genome/exome sequencing of 10 ACC PDX models,即围绕 10 个腺样囊性癌(ACC)患者来源异种移植(PDX)模型开展全基因组/外显子组测序

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基因组acyc
cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016)

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

cBioPortal:腺样囊性癌(MGH,Nat Gen 2016)

该数据集在 cBioPortal 上以“Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016)”为题,英文标识为 cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016),主题标签为 acyc,在本站分类中归入肿瘤 / 其他,来源站为 cbioportal.org。来源站给出的说明是 Whole-genome/exome sequencing of 10 ACC PDX models,即围绕 10 个腺样囊性癌(ACC)患者来源异种移植(PDX)模型开展全基因组/外显子组测序。关联的文献标识为 pmid:26829750。以上构成该数据集最为核心的公开信息。

【数据集背景】

该数据集聚焦于腺样囊性癌(Adenoid Cystic Carcinoma,ACC)。标题中的“MGH”和“Nat Gen 2016”作为命名组成部分出现,但其具体含义、机构背景、发表信息或年份指代,来源站未提供进一步解释。来源站标题与英文名均指向同一主题,即“Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016)”。数据集在本站被归入肿瘤 / 其他类别,并带有 acyc 主题标签。腺样囊性癌相关的研究通常涉及肿瘤基因组学、模型构建和测序分析等方向,但该数据集在来源站中的研究背景、科学问题、队列来源及项目目标,来源站未提供。

【数据内容】

来源站明确说明,该数据集包含对 10 个 ACC PDX 模型进行的全基因组/外显子组测序。因此可以确认的数据内容包括:研究对象为 ACC PDX 模型,数量为 10 个,测序类型涉及全基因组和/或外显子组。至于具体数据文件、样本列表、临床注释、突变谱、拷贝数变异、表达数据、生存信息、药物响应信息、PDX 模型建立与验证细节,以及 cBioPortal 页面中所展示的具体模块和可查询变量,来源站未提供。主题标签为 acyc,本站分类为肿瘤 / 其他,这些信息可用于辅助识别数据集所属领域,但不能替代对数据内容的完整描述。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 cbioportal.org,源站标题为“Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016)”,英文名称为 cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016)。来源站说明其内容为 Whole-genome/exome sequencing of 10 ACC PDX models。关联文献标识为 pmid:26829750。除上述信息外,关于样本采集机构、地理区域、采集时间范围、患者选择标准、知情同意情况、样本处理流程、测序平台、建库方法、测序深度、PDX 模型建立与传代细节等,来源站未提供。

【适用场景】

从已知信息看,该数据集涉及腺样囊性癌和 10 个 ACC PDX 模型的全基因组/外显子组测序,可作为围绕 ACC 肿瘤基因组学进行数据查询、浏览和二次分析的候选资源。cBioPortal 作为癌症基因组学数据平台,通常用于探索肿瘤样本的基因组变异和临床注释等信息,但该数据集在该平台上的具体适用场景、推荐分析类型、目标用户、可支持的统计比较或验证任务,来源站未提供。是否适合突变谱比较、驱动基因探索、模型与患者样本相关性分析等具体用途,需以来源站说明为准;这些具体应用方向来源站未提供。

【使用方法】

来源站未提供该数据集的具体使用方法。该数据集的来源站为 cbioportal.org,因此访问入口与检索方式应以该来源站为准。关于如何下载数据、如何筛选样本、如何查看突变或拷贝数信息、是否提供可视化分析、是否需要注册账号、是否有 API 或批量下载功能、是否有配套教程或文档等,来源站未提供。使用者若需使用,应以来源站实际界面、说明文档和可用功能为准。

【质量与限制】

来源站未提供针对该数据集的质量评估、测序深度、覆盖度、质控标准、数据完整性、缺失情况、批次效应、PDX 模型与原始肿瘤一致性、外部验证结果等信息。已知的样本规模为 10 个 ACC PDX 模型,这一数量来自来源站说明;除此以外,关于样本代表性、统计功效、可推广性和潜在偏倚等,来源站未提供。因此,不能依据现有信息对该数据集的质量水平或分析结论作出进一步判断。

【引用与许可】

该数据集关联的文献标识为 pmid:26829750。引用时应遵循来源站和原始文献的引用要求;具体引用格式、许可协议、使用条款、再分发限制、商业使用条件以及是否需要额外授权,来源站未提供。来源站标题为“Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016)”,英文名称为 cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (MGH, Nat Gen 2016),主题标签为 acyc。若需正式引用或确认许可,建议以 cbioportal.org 上该数据集页面和 pmid:26829750 对应文献的公开信息为准;许可细节来源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=acyc_mgh_2016

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

10个ACC PDX模型的全基因组/外显子组测序。

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