cBioPortal:腺样囊性癌(JHU,癌症预防研究 2016)

腺样囊性癌(Adenoid Cystic Carcinoma)是一类相对少见的恶性肿瘤,其分子特征与常见上皮来源肿瘤存在差异,因此针对该病种开展基因组层面的测序研究,对于理解其发生发展的分子基础具有一定意义

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基因组分类acyc
cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (JHU, Cancer Prev Res 2016)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

cBioPortal:腺样囊性癌(JHU,癌症预防研究 2016)

这是一个由 cBioPortal(cbioportal.org)收录的腺样囊性癌基因组数据集,其完整名称为 cBioPortal: Adenoid Cystic Carcinoma (JHU, Cancer Prev Res 2016),也可简称为 Adenoid Cystic Carcinoma (JHU, Cancer Prev Res 2016),主题标签为 acyc,归入“肿瘤 / 其他”类别。

【数据集背景】

腺样囊性癌(Adenoid Cystic Carcinoma)是一类相对少见的恶性肿瘤,其分子特征与常见上皮来源肿瘤存在差异,因此针对该病种开展基因组层面的测序研究,对于理解其发生发展的分子基础具有一定意义。本数据集正是围绕这一病种组织建立的。标题中出现的“JHU”以及“Cancer Prev Res 2016”字样,提示与该数据相关的机构标识以及相关研究成果的发表出处与年份。除此之外,该研究的具体立项背景、研究假设、实验设计思路等,源站未提供。

【数据内容】

根据源站给出的描述,该数据集的核心内容是 25 例腺样囊性癌肿瘤/正常配对样本的全基因组或全外显子组测序。换言之,纳入的每一个病例都同时包含肿瘤样本与与之对应的正常对照样本,测序层面覆盖全基因组与全外显子组两种策略。这种肿瘤/正常配对的设计,是肿瘤体细胞变异研究中较为常见的组织方式。至于数据集中具体包含哪些数据类型(如突变、拷贝数变异、基因融合、表达等)、样本是否附带临床注释与随访信息、数据文件的数量与体量等,源站未提供。

【采集与来源】

数据的发布来源站为 cbioportal.org,即 cBioPortal 平台;对应的文献标识以 pmid:26862087 的形式给出。样本的采集地点、采集时间、入组标准、测序平台与测序深度、以及从原始数据到可展示结果的处理流程等具体环节,源站未提供。

【适用场景】

作为肿瘤基因组学资源,此类数据的一般用途包括在肿瘤与正常配对样本之间开展基因组层面的比较、探索候选的体细胞变异、以及作为二次分析或方法学验证的输入材料。就本数据集而言,其可支撑的分析场景由“25 例腺样囊性癌肿瘤/正常配对样本的全基因组或全外显子组测序”这一基础所决定;更具体的分析目标、推荐适用范围以及已报道的结论性发现,源站未提供。

【使用方法】

该数据集位于 cbioportal.org,使用者可经由该来源站点获取与浏览相关数据。至于本数据集具体的访问路径、下载格式、文件组织方式、是否需要注册或遵守额外操作流程等使用细节,源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供针对该数据集的质量评估结论、质控指标或已知局限的说明。来源描述给出的规模为 25 例肿瘤/正常配对样本;有关其代表性、批次效应、注释完整性等方面的问题,源站未提供。

【引用与许可】

引用标识为 pmid:26862087,可据此定位对应的文献记录。数据的使用许可、再分发条件与署名要求等,源站未提供。

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=acyc_jhu_2016

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

25对腺样囊性癌肿瘤/正常样本的全基因组或全外显子组测序。

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