ICGC PedBrain: 儿童脑肿瘤深度测序数据集
ICGC PedBrain儿童脑肿瘤数据集，通过全基因组、转录组和甲基化组测序揭示髓母细胞瘤和星形细胞瘤的分子机制与生物标志物。
基本信息
资源简介
ICGC PedBrain: 儿童脑肿瘤深度测序数据集
【数据内容】
源站原始描述：Brain tumors constitute the childhood tumors with the highest mortality rates and survival is often associated with severe long-term sequelae due to intensive multimodal treatment regimens. Thus, the PedBrainTumor network aims at the identification of robust biomarkers for clinical management and novel molecular targets for therapeutic interventions. Using massively parallel whole-genome sequencing, and transcriptome and methylome sequencing for subsets of cases, we aim to decipher the molecular…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：脑肿瘤是儿童肿瘤中死亡率最高的类型，而由于采用了密集的多模式治疗方案，患儿的生存往往伴随着严重的长期后遗症。因此，PedBrainTumor网络旨在识别用于临床管理的稳健生物标志物以及用于治疗干预的新型分子靶点。通过大规模并行全基因组测序，以及对部分病例进行转录组和甲基化组测序，我们旨在阐明髓母细胞瘤及低级别星形细胞瘤的分子病因，并识别用于患者分层以进行专门治疗的标志物。由于PedBrain网络隶属于髓母细胞瘤和毛细胞型星形细胞瘤的临床试验，将关键发现转化为临床环境所需的验证队列已 readily 可用。
【适用方向】
组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。
【获取与许可】
源站页面：https://www.omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001000215
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.omicsdi.org/dataset/ega/EGAS00001000215
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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