麻风分枝杆菌全基因组数据集
麻风分枝杆菌全基因组数据处理脚本管道。
基本信息
模态
基因组
创建/更新时间
2024-07-17
资源简介
该数据集包含用于处理麻风分枝杆菌全基因组数据的bash脚本管道，可用于基因组序列分析、变异检测等任务，数据模态为基因组。
下载信息
注册下载
Tips: 该数据集需要在对应的数据源网站注册通过后，才能进行数据下载，注册有对应要求，或者需要收费。
暂未开放公开下载
Tips: 该数据集属于公开下载，应该可以免费公开下载。
免登录有偿下载
Tips: 该数据集 Qianfanghub 可以协助提供有偿下载服务，注意，服务不针对数据相关产权，只是技术服务费。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
git clone https://github.com/tusharbioinfo/M.-leprae-pipeline.git
curl -L -o repo.zip https://github.com/tusharbioinfo/M.-leprae-pipeline/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip
源站 README 摘录（使用方式）
M.-leprae-pipeline
The bash script pipeline for the mycobacterium leprae whole genome dataset
first download the same env in the conda
and download the all tool in the conda env
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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