PXD009852：研究Schmidtea mediterranea抑癌基因功能的致癌物触发数据集
结合暴露于人类致癌物镉与计算模拟及蛋白质组学自上而下方法，揭示了涡虫中两个新型抑癌基因的保守功能。本数据集为肿瘤领域公开数据集，主题涵盖Planarian。
基本信息
资源简介
PXD009852：研究Schmidtea mediterranea抑癌基因功能的致癌物触发数据集
PXD009852 是一个以涡虫（Schmidtea mediterranea）为研究模型、围绕抑癌基因功能展开的公开蛋白质组学数据集。该数据集将人类致癌物镉的暴露与计算模拟（in silico）及蛋白质组学自上而下（top-down）方法相结合，用于揭示两个新型抑癌基因在涡虫体内所具备的保守功能。数据集归属于肿瘤领域，主题涵盖涡虫、抑癌基因、镉、基质金属蛋白酶、致癌物以及干细胞等方向，来源为 ebi.ac.uk，适合关注肿瘤机制、环境致癌物暴露与再生生物模型交叉研究的科研人员参考使用。
【数据集背景】
肿瘤抑制基因的功能研究长期依赖模式生物体系。该数据集所依托的研究以涡虫 Schmidtea mediterranea 为对象，将暴露于人类致癌物镉作为诱发条件，并结合计算模拟与蛋白质组学自上而下分析手段，从而识别并验证两个新型抑癌基因的保守功能。这一设计将环境致癌物暴露与再生模型中的干细胞行为联系起来，为理解抑癌基因在肿瘤发生中的基础作用提供了实验与数据基础。数据集在分类上归属于肿瘤 / 其他，主题标签覆盖涡虫、抑癌基因、镉、基质金属蛋白酶、致癌物与干细胞等关键词。
【数据内容】
该数据集为蛋白质组学数据，其核心内容来自自上而下的蛋白质组学分析，并结合了计算模拟方法。研究围绕镉暴露条件下涡虫体内两个新型抑癌基因的功能展开，涉及基质金属蛋白酶与干细胞等相关主题。数据集英文名称为“PXD009852: A carcinogenic trigger to study the function of tumor suppressor genes in Schmidtea mediterranea”。除上述主题与研究对象外，源站未提供关于样本数量、蛋白鉴定数目、质谱参数或具体数据文件构成的进一步说明。
【采集与来源】
数据集来源站为 ebi.ac.uk。研究对象物种为 Schmidtea mediterranea（涡虫），相关物种标识采用 NEWT 本体，登录号为 NEWT:79327。研究策略为将人类致癌物镉暴露与 in silico 及蛋白质组学自上而下方法相结合。除来源站与物种信息外，源站未提供关于采样地点、采集时间、实验批次或仪器平台的具体信息。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤抑制基因功能研究、环境致癌物（尤其是镉）暴露效应研究、涡虫再生与干细胞生物学研究，以及蛋白质组学自上而下方法的应用与比较研究。由于主题标签涵盖基质金属蛋白酶与致癌物，也可用于探讨这些因子在肿瘤相关通路中的潜在作用。数据集为公开数据集，可供相关领域的科研人员用于方法参考、结果比对或二次分析。源站未提供关于具体适用分析流程或推荐工具的说明。
【使用方法】
源站未提供关于数据下载方式、文件格式、分析软件或处理步骤的具体说明。使用者可依据来源站 ebi.ac.uk 的公开数据访问惯例获取该数据集，但具体操作细节需以源站实际提供的信息为准。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、覆盖度、重复性、置信度或技术限制的具体说明。该数据集基于涡虫模型与镉暴露条件，其结论向人类肿瘤生物学的外推需谨慎对待，但源站未就外推适用性给出明确说明。
【引用与许可】
源站未提供关于引用格式、文献出处或使用许可的具体信息。使用该数据集时，应遵循来源站 ebi.ac.uk 的相关政策与要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD009852
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
将暴露于人类致癌物镉与计算机模拟和蛋白质组学自上而下的方法相结合，揭示了涡虫中两个新型抑癌基因的保守功能。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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