四个HNSCC单细胞队列的Pseudobulk表达与scFEA代谢通量

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23698041

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 27.5 MB。

数据说明

伴随Tilton T, Park YM, Zhu H, Zhang C, Lin D-C. MCT4-Associated Lactate Export Defines Myeloid Metabolic Reprogramming during Head and Neck Cancer Progression的伪批量表达输入与推断的scFEA代谢通量。每个单元为来自一名患者及一种组织的一个细胞亚型。表达文件包含661个scFEA代谢基因，以MAGIC插补后的对数归一化均值表示。通量文件包含168个代谢模块的推断通量，采用论文中所用结果而非重新运行所得。五个来源队列中有四个被纳入：GSE181919（Kim）、GSE198315（Koh）、GSE234933（Pittet）和GSE182227（Tirosh）。He队列（HRA004648）的单元未纳入，因为该数据集为受控访问，读者应向原始存储库申请。由于He队列参与配对进展分析，仅凭本存档无法完全复现这些分析。每个单元至少包含十个细胞。较小的单元被保留不公开，因为仅含一两个细胞的单元接近单细胞图谱，可能被匹配到公共源数据中的原始细胞。未包含条形码级别的注释。逐文件详情见存档中的README.txt。

分析代码见https://doi.org/10.5281/zenodo.23696767。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。