PRJNA806881:儿童星形细胞瘤转录组图谱

中枢神经系统肿瘤是儿童期最常见的实体肿瘤,是癌症相关死亡的主要原因之一。起源于脑内星形细胞细胞的肿瘤(星形细胞瘤)最为常见

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基因组分类肿瘤其他儿童星形细胞瘤转录组中枢神经系统肿瘤IDH1/2H3F3A
PRJNA806881: The Transcriptomic Landscape of Pediatric Astrocytoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

PRJNA806881:儿童星形细胞瘤转录组图谱

PRJNA806881: The Transcriptomic Landscape of Pediatric Astrocytoma 是一个聚焦于儿童星形细胞瘤转录组特征的数据集,归类于肿瘤/其他方向,来源站为 ebi.ac.uk。中枢神经系统肿瘤是儿童期最常见的实体肿瘤,也是癌症相关死亡的主要原因之一,其中起源于脑内星形细胞细胞的肿瘤(星形细胞瘤)最为常见。该数据集围绕儿童星形细胞瘤的转录组图谱展开,旨在为理解这一儿童常见中枢神经系统肿瘤的分子特征提供转录层面的数据基础。其英文名称直接点明了研究对象为儿童星形细胞瘤,并强调从转录组整体视角刻画该肿瘤的分子景观。

【数据集背景】

中枢神经系统肿瘤是儿童期最常见的实体肿瘤,代表癌症相关死亡的主要原因之一。起源于脑内星形细胞细胞的肿瘤,即星形细胞瘤,是其中最常见的类型。根据组织学和病理学特征,这类肿瘤被分为四个类别。近年来,肿瘤发生相关基因 IDH1/2 和 H3F3A 的分子分型被纳入分类指南,形成额外的分子分类层。H3F3A 突变仅见于儿童星形细胞瘤 IV 级的一个亚型,而 IDH1/2 突变在 14 岁以下儿童中非常罕见。成人及儿童星形细胞瘤的转录组谱已被广泛研究,但研究重点在于不同级别的星形细胞瘤转录组谱。该数据集正是在这一背景下,针对儿童星形细胞瘤的转录组景观进行刻画。

【数据内容】

该数据集为转录组数据,主题为儿童星形细胞瘤的转录组景观。源站描述未提供样本数量、测序平台、基因数量、表达矩阵格式等具体数据内容细节。数据集分类为肿瘤/其他,来源站为 ebi.ac.uk。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk。源站描述未提供具体的采集地点、采集时间、样本纳入与排除标准、伦理审批信息以及测序或实验流程等采集细节。

【适用场景】

该数据集适用于儿童星形细胞瘤转录组层面的研究,可用于探索儿童星形细胞瘤的分子特征,并与成人或不同级别星形细胞瘤的转录组研究背景相结合。由于涉及 IDH1/2 和 H3F3A 等分子分类相关基因的背景,该数据集也可能服务于与儿童星形细胞瘤分子分型相关的转录组分析场景。源站未提供更具体的适用场景说明。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据下载方式、文件格式说明、分析流程或软件工具建议等。

【质量与限制】

源站描述未提供该数据集的质量评估信息,也未提供样本量、覆盖度、批次效应、数据完整性等限制性说明。已知背景中,IDH1/2 突变在 14 岁以下儿童中非常罕见,H3F3A 突变仅见于儿童星形细胞瘤 IV 级的一个亚型,这些分子特征可能影响相关转录组研究的解释范围,但源站未就此数据集本身给出具体质量与限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA806881

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

中枢神经系统肿瘤是儿童期最常见的实体肿瘤,也是癌症相关死亡的主要原因之一。起源于脑内星形胶质细胞的肿瘤(星形细胞瘤)最为常见。根据其组织学和病理学特征,这些肿瘤被分为四类。然而,近年来,肿瘤发生相关基因IDH1/2和H3F3A的分子分型已被纳入分类指南,形成了额外的分层。H3F3A突变仅见于IV级儿童星形细胞瘤的一个亚型,而IDH1/2突变在14岁以下儿童中极为罕见。成人及儿童星形细胞瘤的转录组图谱已被广泛研究,但针对儿童人群中不同级别星形细胞瘤(包括额外的分子分型分层)转录组谱的研究却十分匮乏。因此,我们通过RNA测序对四类儿童星形细胞瘤的转录组景观进行了分析。

总体设计:对来自大脑和小脑的15例儿童星形细胞瘤活检组织以及5份健康匹配组织的总RNA进行下一代测序。

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