PRJDB13815：DCK缺陷型CFPAC-1胰腺癌细胞系转录组分析
该数据集围绕对吉西他滨敏感的胰腺癌细胞系 CFPAC-1，以及经慢病毒转导 Cas9 和 DCK sgRNA 后获得的 DCK 缺陷细胞 DCK#10，并分别对 CFPAC-1 与 DCK#10 进行 RNA-seq
基本信息
资源简介
PRJDB13815：DCK缺陷型CFPAC-1胰腺癌细胞系转录组分析
PRJDB13815 是一个来自 ebi.ac.uk 的转录组数据集，英文名称为 Transcriptome analysis of DCK-deficient CFPAC-1 pancreatic cancer cell line，在分类上归入肿瘤 / 其他。该数据集围绕对吉西他滨敏感的胰腺癌细胞系 CFPAC-1，以及经慢病毒转导 Cas9 和 DCK sgRNA 后获得的 DCK 缺陷细胞 DCK#10，并分别对 CFPAC-1 与 DCK#10 进行 RNA-seq。
【数据集背景】
来源信息说明，研究对象是吉西他滨敏感的胰腺癌细胞系 CFPAC-1。研究者通过慢病毒转导方式，将 Cas9 和 DCK sgRNA 导入 CFPAC-1，从而得到 DCK 缺陷细胞 DCK#10。该 DCK#10 细胞表现出对吉西他滨的显著耐药性。基于这一背景，数据集关注的是 DCK 缺陷状态与 CFPAC-1 胰腺癌细胞转录组之间的关系。至于为何选择该细胞系、DCK 缺陷导致耐药的具体分子机制、研究假设、实验目标、项目团队和资助信息等，源站未提供。
【数据内容】
根据来源描述，数据内容为 RNA-seq 分析，分别针对 CFPAC-1 细胞系和 DCK#10 进行。也就是说，转录组分析对象包括亲本 CFPAC-1 细胞和 DCK 缺陷型 CFPAC-1 细胞。数据集英文名称也表明其主题是 DCK 缺陷型 CFPAC-1 胰腺癌细胞系的转录组分析。至于测序平台、读长、单端或双端、文库类型、样本重复数、原始数据文件、表达矩阵、差异表达结果、参考基因组版本、基因注释版本以及数据分析流程等，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，项目标识为 PRJDB13815。采集与实验构建相关的信息在来源描述中包括：对吉西他滨敏感的胰腺癌细胞系 CFPAC-1 进行慢病毒转导，导入 Cas9 和 DCK sgRNA，得到 DCK 缺陷细胞 DCK#10；DCK#10 对吉西他滨表现出显著耐药；随后分别对 CFPAC-1 细胞系和 DCK#10 进行 RNA-seq。除此之外，细胞培养条件、转导参数、sgRNA 序列、Cas9 来源、DCK 敲除效率验证、耐药表型定量方法、吉西他滨处理浓度与时长、生物学重复数量、测序中心、提交者、样本登录号等，源站未提供。
【适用场景】
从数据类型看，RNA-seq 通常可用于转录组表达定量、差异表达分析和通路或功能富集等通用分析。就该数据集而言，其描述明确涉及 CFPAC-1 与 DCK#10 两种细胞的 RNA-seq，因此可用于关注 DCK 缺陷型 CFPAC-1 与亲本 CFPAC-1 之间转录组差异的研究方向，也可为胰腺癌吉西他滨耐药相关细胞模型研究提供转录组层面的数据参考。但该数据集是否包含可直接用于上述分析的处理后文件、分析结果或完整流程，源站未提供。其是否适合临床转化、药物敏感性预测、诊断标志物筛选或其他具体应用，源站未提供。
【使用方法】
关于如何下载、访问或使用该数据集，包括项目页面地址、下载链接、文件格式、数据量、原始数据与处理后数据的划分、分析脚本、参考基因组、比对工具、标准化方法、差异分析参数等，源站未提供。因此，使用前应查阅 ebi.ac.uk 上对应项目页面的实际说明；若需复现分析，也应查找源站是否提供相应流程和元数据。现有信息无法给出具体操作步骤，也无法确认该数据集是否支持直接在线分析、批量下载或本地重新处理。
【质量与限制】
该数据集的质量相关信息，如测序深度、覆盖度、重复性、质控指标、批次效应、细胞系鉴定、DCK 敲除效率、脱靶效应、耐药表型定量和统计显著性等，源站未提供。由于来源描述仅提到 CFPAC-1 与 DCK#10 两种细胞进行了 RNA-seq，是否能推广到其他胰腺癌模型或临床样本，源站未提供。数据解释应受限于所描述的细胞模型背景。关于样本纳入排除标准、伦理审批、数据隐私和潜在偏倚等，源站也未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、文献出处、作者列表、通讯作者、发表期刊、DOI、许可协议、使用限制和商业使用规定等，源站未提供。可确认的信息包括来源站为 ebi.ac.uk，项目标识为 PRJDB13815，英文名称为 Transcriptome analysis of DCK-deficient CFPAC-1 pancreatic cancer cell line。若需正式引用或确认使用条件，应查阅来源站页面上列出的引用与许可说明；现有信息无法确认具体条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB13815
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们用慢病毒将Cas9和DCK sgRNA转导至吉西他滨敏感的胰腺癌细胞系CFPAC-1中。由此产生的DCK缺陷细胞（DCK#10）对吉西他滨表现出显著耐药性。分别对CFPAC-1细胞系和DCK#10进行了RNA-seq。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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