IGF-1R 分子动力学模拟数据（5FXS 与 1K3A）

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.19302462

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 20.6 MB。

数据说明

该数据集包含与提交至《In Silico Pharmacology》的研究“[用于治疗尤文肉瘤的IGF-1受体ATP竞争性抑制剂：针对具有广泛化学结构多样性的分子数据集的全面虚拟筛选分析]”相关的分子动力学（MD）模拟文件。数据涉及胰岛素样生长因子1受体（IGF-1R）在其非活性构象（PDB ID：5FXS）和活性构象（PDB ID：1K3A）下的模拟。所提供的材料确保了手稿中报告的所有分析的透明性和可重复性，包括RMSF和COM-质心距离分析。对于非活性构象（5FXS），该存储库包含缩减后的XTC轨迹（子采样），以及相应的TPR和MDP文件。这些文件足以重现研究中呈现的所有结构和能量分析。对于活性构象（1K3A），轨迹和TPR文件目前无法公开发布，因为它们属于一个正在进行中的项目。但是，提供了相应的MDP文件以及手稿中使用的处理后分析文件。

所有模拟均使用GROMACS [Gromacs 2023.3版本，于2023年10月19日发布]进行，其中[AMBER99SB-ILDN]和配体参数使用[GAFF/ACPYPE]生成。随附一份详细的README文件，描述了数据集的内容与结构、所使用的软件版本以及用于生成精简轨迹的命令。该数据集旨在支持IGF-1R动力学计算研究中的可重复性、二次分析和方法学透明度。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。