食管腺癌新抗原鉴定数据集
该数据集来自 omicsdi.org，包含七例食管腺癌组织样本的免疫肽组学数据，通过质谱技术从细胞表面洗脱并鉴定呈递于 HLA 分子上的 CD4 和 CD8 T 细胞表位
基本信息
资源简介
食管腺癌新抗原鉴定数据集
该数据集英文名为 Identification of neoantigens in oesophageal adenocarcinoma，来源于 omicsdi.org，主题涉及人类食管腺癌的免疫肽组研究。数据集收录了七例食管腺癌组织样本的免疫肽组学数据，研究者通过质谱技术从细胞表面洗脱并鉴定呈递于 HLA 分子上的 CD4 和 CD8 T 细胞表位。相关主题标签包括 Human、Oesophageal adenocarcinoma、Immunopeptidome 与 Hla，本站将其归类为肿瘤领域的其他类数据集。该数据集是相关研究论文的配套数据，可用于了解食管腺癌中 HLA 结合肽的呈递情况与潜在新抗原鉴定工作。
【数据集背景】
食管腺癌是消化系统恶性肿瘤之一，其新抗原鉴定对于理解肿瘤免疫识别机制具有研究价值。该数据集所对应的研究关注食管腺癌组织中由 HLA 分子呈递的肽段，旨在通过免疫肽组学手段识别可被 CD4 和 CD8 T 细胞识别的表位。数据集名称直接体现了其研究目标，即食管腺癌中新抗原的鉴定。该数据构成相关发表成果的组成部分，论文由 Nicholas、Bailey、McCann、Wood、Walker、Ternette、Elliott、Underwood、Johnson 与 Skipp 等人完成，于 2022 年被 Immunology 接受发表，数字对象标识符为 https://doi.org/10.1111/imm.13578。
【数据内容】
数据集包含来自七例食管腺癌组织的免疫肽组学数据。数据内容为经质谱技术从细胞表面洗脱的、呈递于 HLA 分子上的肽段，涵盖 CD4 与 CD8 T 细胞表位。主题标签标明其涉及人类样本、食管腺癌、免疫肽组以及 HLA。除上述内容外，源站未提供关于数据文件格式、样本量明细、肽段数量或具体表位列表的进一步说明。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。样本为七例食管腺癌患者的组织。采集方式为免疫肽组学：利用质谱技术从细胞表面洗脱并鉴定与 HLA 分子结合的呈递肽段。源站未提供样本采集地点、患者临床信息、质谱平台型号或数据处理流程的更多细节。
【适用场景】
该数据集适用于肿瘤免疫学与免疫肽组学相关研究，例如了解食管腺癌中 HLA 结合肽的组成、探索 CD4 与 CD8 T 细胞表位、以及为新抗原鉴定方法提供参考数据。也可用于与其它肿瘤免疫肽组数据集的比较研究。源站未提供关于具体分析工具或验证实验的说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用说明、下载方式、文件组织格式或分析流程。使用者需依据来源站 omicsdi.org 的页面信息及对应发表论文获取进一步指导。
【质量与限制】
数据集基于七例食管腺癌组织样本，样本量有限。源站未提供关于数据完整性、质谱鉴定置信度、假阳性控制或批次效应的说明。由于仅涵盖七例样本，结果的普适性需谨慎对待。其他质量相关信息源站未提供。
【引用与许可】
该数据集对应发表文献为 Nicholas, B., Bailey, A., McCann, K.J., Wood, O., Walker, R.C., Parker, R., Ternette, N., Elliott, T., Underwood, T.J., Johnson, P. and Skipp, P. (2022), Identification of neoantigens in esophageal adenocarcinoma. Immunology. Accepted Author Manuscript. https://doi.org/10.1111/imm.13578。源站未提供该数据集的具体许可条款或使用限制说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD031108
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们展示了来自七例食管腺癌组织的CD4和CD8 T细胞表位数据，这些表位是通过质谱（免疫肽组学）从细胞表面洗脱的HLA结合肽中鉴定得到的。该数据集是以下发表文章的一部分：Nicholas, B., Bailey, A., McCann, K.J., Wood, O., Walker, R.C., Parker, R., Ternette, N., Elliott, T., Underwood, T.J., Johnson, P. and Skipp, P. (2022), Identification of neoantigens in esophageal adenocarcinoma. Immunology. 已接受作者手稿. https://doi.org/10.1111/imm.13578
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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