GSE208065：全基因组DNA甲基化与转录组整合分析优选EPHA5作为口腔鳞状细胞癌候选非侵入性表观遗传生物标志物

资源简介

GSE208065：全基因组DNA甲基化与转录组整合分析优选EPHA5作为口腔鳞状细胞癌候选非侵入性表观遗传生物标志物

GSE208065 数据集围绕口腔鳞状细胞癌（OSCC）的早期诊断需求展开，整合了全基因组 DNA 甲基化与转录组分析，旨在发现可用于早期诊断的新型潜在甲基化生物标志物。研究对 OSCC 患者的肿瘤组织及配对正常组织进行了基因表达和甲基化谱分析，通过表达与甲基化联合分析筛选出若干候选标志物，其中 EPHA5 被识别为潜在的 OSCC 特异性表观遗传生物标志物。随后，研究在包含 OSCC、OPML 及健康个体的更大队列中，利用 QMSP 和 QRT-PCR 方法，在组织与体液样本中验证了 EPHA5 作为早期甲基化生物标志物的潜力，结果确认了 EPHA5 基因在 OSCC 患者中因高甲基化而表达下调。此外还发现若干其他候选基因，目前仍处于验证过程中。

【数据集背景】

口腔鳞状细胞癌（OSCC）的早期诊断对于改善患者预后具有重要意义。本研究的目标是发现可用于 OSCC 早期诊断的新型潜在甲基化生物标志物。为此，研究团队对 OSCC 患者的肿瘤组织及配对正常组织开展了基因表达和甲基化谱分析，试图从全基因组层面识别与 OSCC 相关的表观遗传改变。通过整合 DNA 甲基化与转录组数据，研究筛选出多个候选生物标志物，并进一步聚焦于 EPHA5，将其作为潜在的 OSCC 特异性表观遗传生物标志物进行验证。该数据集即来源于这一整合分析工作，属于肿瘤领域的表观遗传与转录组研究数据。

【数据内容】

该数据集包含 OSCC 患者肿瘤组织及配对正常组织的基因表达谱和甲基化谱数据。研究通过表达与甲基化联合分析，揭示了若干候选生物标志物，其中 EPHA5 被识别为潜在的 OSCC 特异性表观遗传生物标志物。后续验证在包含 OSCC、OPML 和健康个体的更大队列中展开，采用 QMSP 和 QRT-PCR 方法，在组织与体液样本中检测 EPHA5 的甲基化状态与表达水平。结果确认了 EPHA5 基因在 OSCC 患者中因高甲基化而导致表达下调。此外，研究还发现了其他若干候选基因，但这些基因目前仍处于验证过程中。关于数据的具体样本量、平台信息、数据文件格式与大小等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。研究采集了 OSCC 患者的肿瘤组织及配对正常组织，并进行了基因表达和甲基化谱分析。验证阶段则使用了包含 OSCC、OPML 和健康个体的更大队列，样本类型包括组织与体液。检测方法包括 QMSP 和 QRT-PCR。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及数据提交的具体项目编号等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于口腔鳞状细胞癌（OSCC）早期诊断相关的甲基化生物标志物研究，尤其是针对 EPHA5 作为非侵入性表观遗传生物标志物的探索。可用于分析 OSCC 肿瘤与配对正常组织之间的基因表达与甲基化差异，识别差异甲基化区域或差异表达基因，并评估候选标志物在 OSCC、OPML 与健康个体中的区分能力。此外，该数据也可用于表观遗传学与转录组学整合分析方法的研究，以及甲基化标志物在组织与体液样本中的验证研究。对于其他候选基因的验证工作，该数据集亦可作为参考资源。具体适用的分析工具或流程需结合数据实际格式判断，源站未提供相关说明。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 ncbi.nlm.nih.gov 获取。用户可根据研究目的，对基因表达谱和甲基化谱数据进行整合分析，以重现或拓展本研究中发现的候选生物标志物。对于 EPHA5 的验证，可参考研究中使用的 QMSP 和 QRT-PCR 方法，在组织与体液样本中进行甲基化与表达检测。使用时应关注肿瘤与配对正常组织的对应关系，以及 OSCC、OPML 和健康个体分组信息。关于数据下载的具体链接、访问权限、所需软件或分析流程等，源站未提供。

【质量与限制】

该研究通过整合全基因组 DNA 甲基化与转录组分析，并结合较大队列的组织与体液样本验证，确认了 EPHA5 在 OSCC 患者中因高甲基化而表达下调。然而，研究中发现的其他候选基因目前仍处于验证过程中，尚未得到最终确认。该数据集的具体样本量、数据覆盖度、测序深度、平台版本以及是否存在批次效应等信息，源站未提供。此外，关于数据是否经过标准化处理、是否存在缺失值或质控指标等，源站亦未提供。使用者在解释结果时需注意这些潜在限制。

【引用与许可】

该数据集的英文名称为 GSE208065: Integrated Genome-Wide DNA Methylation and Transcriptomic Analysis Prioritizes EPHA5 as a Candidate Non-Invasive Epigenetic Biomarker for Oral Squamous Cell Carcinoma。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款以及是否允许商业用途等信息，源站未提供。