化疗前后恶性腹水对卵巢癌细胞蛋白质组的影响
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦卵巢癌腹腔转移微环境。研究对化疗初治恶性腹水来源的卵巢癌细胞原代培养物，分别与自体化疗前或化疗后腹水孵育 3 天，并进行 LC-MS/MS 蛋白质组分析
基本信息
资源简介
化疗前后恶性腹水对卵巢癌细胞蛋白质组的影响
该数据集聚焦卵巢癌腹腔转移微环境中的蛋白质组变化，研究对象为化疗初治恶性腹水来源的卵巢癌细胞原代培养物。研究者将若干原代培养的卵巢癌细胞分别与患者自体的化疗前或化疗后腹水孵育3天，随后采用LC-MS/MS进行蛋白质组分析，以探索化疗影响下癌细胞与局部腹水微环境之间的通讯机制。富集分析显示，与化疗后腹水共孵育的肿瘤细胞中，DNA修复和细胞周期调控相关通路的蛋白出现显著上调。该数据集为理解卵巢癌化疗耐药与腹腔微环境相互作用提供了蛋白质组层面的实验依据。
【数据集背景】
卵巢癌以向腹腔的经体腔转移为特征。腹腔恶性腹水中富集卵巢癌细胞以及少量肿瘤相关免疫细胞，这些细胞共同构成独特的微环境，主动促进疾病进展。然而，在化疗影响下癌细胞如何与其局部环境进行通讯，仍不清楚。为回答这一问题，研究者开展了本项蛋白质组研究，关注化疗前后恶性腹水对卵巢癌细胞蛋白质组的影响。该数据集的主题标签包括Ovarian cancer、Chemoresistance和Ascites，指向卵巢癌、化疗耐药与腹水三个核心概念。
【数据内容】
该数据集的核心内容是卵巢癌细胞原代培养物在自体化疗前或化疗后腹水孵育条件下的蛋白质组分析结果。实验对若干来自化疗初治恶性腹水的卵巢癌细胞原代培养物进行处理，孵育时间为3天，随后进行LC-MS/MS分析。通过富集分析，研究发现与化疗后腹水孵育的肿瘤细胞中，DNA修复和细胞周期调控相关通路的蛋白显著上调。源站描述还提到，与这些数据一致，治疗后腹水增加了某种后续效应，但源站描述在此处截断，未提供完整信息。数据集的具体蛋白鉴定数量、定量结果、差异蛋白列表、统计阈值等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。样本来源为卵巢癌患者的恶性腹水，具体为化疗初治恶性腹水来源的卵巢癌细胞原代培养物，以及同一患者自体的化疗前和化疗后腹水。实验设计为将原代培养的卵巢癌细胞分别与自体化疗前或化疗后腹水孵育3天，然后进行LC-MS/MS蛋白质组分析。关于样本量、患者数量、临床分期、化疗方案、细胞培养条件、LC-MS/MS仪器型号和色谱条件等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于卵巢癌腹腔转移微环境、化疗耐药机制以及腹水与肿瘤细胞相互作用等研究方向。具体而言，可用于探索化疗前后腹水对卵巢癌细胞蛋白质表达的影响，分析DNA修复和细胞周期调控相关通路在化疗后腹水作用下的变化，以及为后续验证化疗耐药相关蛋白提供候选依据。此外，该数据集也可用于蛋白质组学数据分析方法的比较或整合分析。由于源站未提供完整的定量数据和临床注释，该数据集在直接用于临床预测模型构建或大规模meta分析时可能受到限制。
【使用方法】
该数据集可通过omicsdi.org获取。使用者可根据源站提供的描述了解实验设计，并进一步查找原始蛋白质组数据文件。由于源站未提供具体的数据格式、下载链接、文件大小或分析流程，建议使用者直接访问omicsdi.org查询该数据集的条目信息。在使用时，应注意该数据集基于原代细胞培养和腹水孵育模型，结果反映的是体外条件下的蛋白质组变化，不能直接等同于体内肿瘤组织的真实状态。若需进行差异表达分析或通路富集分析，应参考源站提供的原始数据和分析方法，或根据LC-MS/MS数据自行处理。
【质量与限制】
该数据集基于LC-MS/MS分析，具有较高的蛋白质组覆盖深度，但源站未提供技术重复、生物学重复、缺失值比例、定量准确性等质量指标。实验使用原代培养的卵巢癌细胞和自体腹水，较好地模拟了患者个体化的微环境，但样本量可能有限，且原代培养可能引入体外适应变化。此外，源站描述在“ascites after therapy increased t”处截断，未完整说明治疗后腹水的具体效应。该数据集未提供临床预后信息、治疗反应数据或验证实验，因此其结论的普遍性有待进一步研究。源站未提供关于数据质量控制、批次效应校正或统计方法的具体说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用文献、DOI、许可协议或使用条款。使用者应访问omicsdi.org查看该数据集的原始条目，以获取引用和许可相关信息。在未明确许可的情况下，建议仅将该数据集用于学术研究，并遵循源站的使用规定。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD045647
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
卵巢癌的特征是经体腔转移至腹膜腔。腹膜恶性腹水中富含卵巢癌细胞和少量肿瘤相关免疫细胞，它们共同营造出独特的微环境，积极促进疾病进展。然而，在化疗影响下癌细胞如何与其局部环境进行通讯仍不清楚。为解决这一问题，我们对来自未接受化疗的恶性腹水的几株卵巢癌细胞原代培养物进行了LC-MS/MS分析，这些细胞与自体的化疗前或化疗后腹水孵育3天。富集分析发现，与化疗后腹水孵育的肿瘤细胞中，与DNA修复和细胞周期调控通路相关的蛋白显著上调。与这些数据一致，治疗后腹水增加了卵巢癌细胞对顺铂的耐药性。这些发现表明，在应激条件下，癌细胞可以向细胞外空间分泌信号分子，并在短时间内促进肿瘤化疗耐药性的产生。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
