脂多糖处理前后白足鼠与家鼠血液、脾、肝差异表达基因数据集

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A782e4b531c7505f6f99f8be913dbd9f03b165c591f170846fb69f47e70171b66

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

作为人畜共患病原体储存宿主的动物，通常对感染仅表现出轻微的疾病症状。为探究这种感染耐受性的机制，我们采用单剂量脂多糖（LPS）作为炎症实验模型，比较了两种啮齿动物的反应：白足鹿鼠（Peromyscus leucopus），它是莱姆病及其他人畜共患病病原体的储存宿主；以及家鼠（Mus musculus）。注射LPS或生理盐水四小时后，收集血液、脾脏和肝脏样本，并进行RNA测序、代谢组学分析及特异性RT-qPCR检测。差异表达分析在基因、通路和网络层面进行。经LPS处理的鹿鼠表现出与暴露小鼠相似的疾病体征，皮质酮水平及白细胞介素（IL）-6、肿瘤坏死因子、IL-1β和C反应蛋白的表达增加程度也相似。通过网络分析，家鼠对LPS的反应特征表现为细胞因子相关，而白足鹿鼠的反应则以中性粒细胞活性相关术语为主导。

此外，精氨酸酶1与一氧化氮合酶2以及IL-10与IL-12表达上的二分现象，与小鼠中M1型巨噬细胞应答及鹿鼠中M2型应答相一致。该数据集包含对20只白足鼠（10雌10雄）和20只小家鼠（10雌10雄）进行RNA-seq分析所得的差异表达基因列表，这些动物在0时经腹腔接种10 mg/kg大肠杆菌脂多糖（每种各6雌6雄）或单独生理盐水（每种各4雌或4雄），随后在4小时时处死。之后对组织进行RNA提取、cDNA文库制备、测序，并按方法部分所述进行分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。