TNF-α抑制剂治疗非感染性巩膜炎疗效数据

该数据集来自 frontiersin.figshare.com,包含一份 docx 表格文件,标题涉及识别 TNF 和 IL6 作为巩膜炎潜在枢纽基因及靶向药物的生物信息学报告

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2023-06-21 更新
浏览 2
基因组分类scleritisPPI networkhub genesdrug targetsTNFIL6
Data from: Therapeutic Outcomes of Non-Infectious Scleritis Treated with Tumor Necrosis Factor-Alpha Inhibitors

基本信息

模态
基因组
大小
0.000024813 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-21
版本
v1

资源简介

TNF-α抑制剂治疗非感染性巩膜炎疗效数据

Table_2_Identifying TNF and IL6 as potential hub genes and targeted drugs associated with scleritis: A bio-informative report.docx

该数据集来自 frontiersin.figshare.com,包含一份 docx 表格文件,标题涉及识别 TNF 和 IL6 作为巩膜炎潜在枢纽基因及靶向药物的生物信息学报告。源站描述显示研究通过 Python 文本挖掘 PubMed 数据库筛选巩膜炎相关候选基因和蛋白,利用 DAVID 数据库进行功能评估,并通过 GO 和 KEGG 分析识别功能富集,随后用 CytoHubba 识别枢纽基因并进行蛋白-蛋白相互作用网络分析,还涉及活动性巩膜炎患者与健康受试者血清。数据可用于巩膜炎相关基因与药物靶点的生物信息学研究(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Comparative study of ophthalmological and serological manifestations and the therapeutic response of patients with isolated scleritis and scleritis associated with systemic diseases》发表于 Arquivos Brasileiros de Oftalmologia(2011),DOI:10.1590/s0004-27492011000600004。源站首次发布:2023-03-31。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):背景:巩膜炎是一种严重的炎症性眼病,可导致失明。巩膜炎的病因和发病机制仍不清楚,越来越多的证据表明一些特定的基因和蛋白质参与其中。本研究旨在识别巩膜炎的关键基因和药物靶点,从而为该疾病的治疗提供新方向。方法:我们使用 Python 对 PubMed 数据库进行文本挖掘,筛选与巩膜炎相关的候选基因和蛋白质,并使用 DAVID 数据库评估其功能。使用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析来识别这些基因和蛋白质的功能富集。然后,使用 CytoHubba 识别枢纽基因,并通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析进行评估。并且,来自活动性巩膜炎患者和健康受试者的血清我们

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 24.81 KB。数据集 DOI:10.3389/fimmu.2023.1098140.s005。

【主题与分类】

源站学科分类:Transplantation Immunology、Tumour Immunology、Immunology not elsewhere classified、Immunology、Veterinary Immunology、Animal Immunology。主题标签:scleritis、PPI network、hub genes、drug targets、TNF、IL6。本站分类:肿瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Transplantation Immunology、Tumour Immunology、Immunology not elsewhere classified、Immunology、Veterinary Immunology、Animal Immunology。

【获取与许可】

源站页面:https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_2_Identifying_TNF_and_IL6_as_potential_hub_genes_and_targeted_drugs_associated_with_scleritis_A_bio-informative_report_docx/22427698

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Yan, Feiyue; Liu, Yizong; Zhang, Tianlu; Shen, Yin (2023). Table_2_Identifying TNF and IL6 as potential hub genes and targeted drugs associated with scleritis: A bio-informative report.docx. Frontiers. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-21,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "Table_2_Identifying TNF and IL6 as potential hub genes and targeted drugs associated with scleritis: A bio-informative report.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/39874045"

文件清单

  • Table_2_Identifying TNF and IL6 as potential hub genes and targeted drugs associated with scleritis: A bio-informative report.docx(24.81 KB)

文件总体积 24.81 KB(源站 API 实测)。

数据说明

背景 巩膜炎是一种可导致失明的严重炎症性眼病。巩膜炎的病因和发病机制仍不清楚,越来越多的证据表明一些特定基因和蛋白质参与其中。本研究旨在识别巩膜炎的关键基因和药物靶点,从而为该疾病的治疗提供新方向。方法 我们使用Python对PubMed数据库进行文本挖掘,筛选与巩膜炎相关的候选基因和蛋白质,并使用DAVID数据库评估其功能。采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析来识别这些基因和蛋白质的功能富集情况。然后,使用CytoHubba识别关键基因,并通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析进行评估。并使用活动性巩膜炎患者和健康受试者的血清对关键基因进行验证。最后,使用DGIdb数据库预测针对关键基因治疗巩膜炎的靶向药物。

结果共发现56个基因和蛋白质与巩膜炎相关,并在KEGG分析中识别出65条显著改变的途径(FDR 本研究通过生物信息学分析提供了与巩膜炎相关的关键基因和药物靶点。TNF和IL6被认为是巩膜炎的关键介质和可能的药物靶点。五种候选药物未来可能在巩膜炎的诊断和治疗中发挥重要作用,值得进一步的实验和临床研究。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.3389/fimmu.2023.1098140.s005(source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_2_Identifying_TNF_and_IL6_as_potential_hub_genes_and_targeted_drugs_associated_with_scleritis_A_bio-informative_report_docx/22427698)。

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