基于DESI质谱成像的肿瘤共定位特征分类数据

该数据集来自 data.mendeley.com,用于论文 Inglese 等(2019,Analytical Chemistry)中基于解吸电喷雾电离质谱成像(DESI-MSI)的肿瘤共定位特征分类研究的数据分析

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2019-06-26 更新
浏览 2
其他分类肿瘤分类质谱成像DESI共定位特征imzMLibd
Data from: Colocalization features for classification of tumors using desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging

基本信息

模态
其他
大小
6.393287464 GB
任务类型
分类
创建/更新时间
2019-06-26
版本
v2

资源简介

基于DESI质谱成像的肿瘤共定位特征分类数据

该数据集源自 data.mendeley.com,英文名称为“Data from: Colocalization features for classification of tumors using desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging”,对应论文 Inglese、Correia、Pruski、Glen 与 Takats 于 2019 年发表在 Analytical Chemistry 上的研究《Colocalization features for classification of tumors using desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging》。数据集共包含 139 个文件,合计约 6.39 GB,文件以 IBD、IMZML 及 ZIP 压缩包形式组织,于 2019 年 6 月 26 日发布,当前版本为 v2,DOI 为 10.17632/wpy848vsfy.2。本站将其归入肿瘤 / 其他分类,主要用于支撑基于解吸电喷雾电离质谱成像(DESI-MSI)的肿瘤共定位特征分类研究的数据分析。

【数据集背景】

该数据集服务于肿瘤分类方法学研究。原论文探索利用解吸电喷雾电离质谱成像(DESI-MSI)所获得的共定位特征对肿瘤进行分类,数据集即为该论文数据分析所使用的基础数据。研究发表于 Analytical Chemistry,数据集在 Mendeley Data 平台以 v2 版本公开,发布时间为 2019 年 6 月 26 日,DOI 为 10.17632/wpy848vsfy.2。本站分类将其归入肿瘤 / 其他,反映其应用领域与肿瘤研究相关。

【数据内容】

数据集共包含 139 个文件,合计约 6.39 GB。文件样例包括 0101500113A5-.ibd、0101500113A5-.imzML、0400126A4-.ibd、0400126A4-.imzML、0400130A2-.ibd、0400130A2-.imzML、0400169A4-.ibd、0400169A4-.imzML 等。从样例可见,数据以成对形式组织,每个样本对应一个 .ibd 文件与一个 .imzML 文件;此外还包含 ZIP 压缩包形式的文件。文件命名采用样本编号加后缀的方式,具体样本数量、分组信息与生物学含义源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 data.mendeley.com,源站标题与数据集英文名称一致。源站描述说明,这些数据用于论文 Inglese, P., Correia, G., Pruski, P., Glen, R. C., & Takats, Z. (2019). Colocalization features for classification of tumors using desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging. Analytical Chemistry 的数据分析。数据采集的具体仪器参数、样本来源、实验设计等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于基于 DESI-MSI 的肿瘤分类研究,尤其是围绕共定位特征开展的数据分析、方法复现与对比研究。由于文件采用 IBD 与 IMZML 格式,适合质谱成像数据的读取、处理与特征提取流程;ZIP 压缩包可用于批量分发与归档。具体适用的肿瘤类型、分类任务与评价指标源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载全部 139 个文件(合计约 6.39 GB),按文件格式分别读取:IBD、IMZML 以及 ZIP 压缩包。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因格式或编码问题导致批量处理失败。IMZML 与 IBD 成对出现,读取时需保持配对关系。具体的读取软件、参数设置与处理流程源站未提供。

【质量与限制】

数据集以 v2 版本发布,文件数量与总体积明确,文件命名规则较为统一,便于组织与核对。但源站未提供样本量、分组标签、采集参数、预处理步骤与质量评估指标等信息,使用者在缺乏这些背景的情况下难以独立判断数据适用性;此外,数据仅覆盖论文数据分析所需内容,是否包含完整原始数据源站未提供。

【引用与许可】

引用时应使用数据集 DOI:10.17632/wpy848vsfy.2,并参考对应论文 Inglese, P., Correia, G., Pruski, P., Glen, R. C., & Takats, Z. (2019). Colocalization features for classification of tumors using desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging. Analytical Chemistry。数据集的许可条款源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://data.mendeley.com/datasets/wpy848vsfy

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 6.39 GB。

数据说明

Paolo Inglese (2019). Colocalization features for classification of tumors using desorption electrospray ionization mass spectrometry imaging [Dataset]. http://doi.org/10.17632/wpy848vsfy.2

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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