CHIP 调控神经肽前体蛋白 VGF 的表达

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD016299

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CHIP是一种具有神经保护作用的E3泛素连接酶，有助于延长寿命和健康衰老。在动物模型中，CHIP功能的丧失对预期寿命有重大影响，而在人类中，损害CHIP的E3连接酶活性的突变是导致某些形式的脊髓小脑共济失调（SCA）的原因，这些病症常伴有认知衰退和/或痴呆。CHIP维持神经元健康所调控的通路仍有待发现。通过基因编辑的神经母细胞瘤细胞作为模型，研究了在无蛋白毒性应激条件下CHIP缺失对稳态蛋白质组的影响。无标记定量蛋白质组分析（SWATH-MS）突显了VGF——神经肽前体蛋白家族的一员，作为对CHIP功能丧失反应显著的主要蛋白。通过使用SILAC和RNA-Seq研究VGF表达对CHIP的依赖性，我们确定了该连接酶在调节神经肽表达中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。