cBioPortal:皮肤黑色素瘤(TCGA,PanCancer Atlas)
数据为 TCGA PanCancer 项目中的皮肤黑色素瘤数据,主题标签为 skcm,相关文献可通过 pmid 标识获取

基本信息
资源简介
cBioPortal:皮肤黑色素瘤(TCGA,PanCancer Atlas)
cBioPortal 收录的 Skin Cutaneous Melanoma (TCGA, PanCancer Atlas) 数据集,是 TCGA PanCancer 项目框架下针对皮肤黑色素瘤(SKCM)的公开数据资源。该数据集以 skcm 作为主题标签,便于在 cBioPortal 平台内按癌种进行检索与归类。其来源站为 cbioportal.org,源站将其描述为皮肤黑色素瘤的 TCGA PanCancer 数据,并提供了原始数据与相关出版物的指引链接。数据集同时标注了多篇相关文献的 PubMed 标识(PMID),供使用者追溯数据所对应的研究背景。整体而言,该数据集面向肿瘤研究领域,属于肿瘤 / 其他分类,适合作为皮肤黑色素瘤基因组与临床相关分析的公开数据入口。
【数据集背景】
该数据集属于 TCGA PanCancer Atlas 项目的一部分,聚焦于皮肤黑色素瘤这一癌种。TCGA PanCancer Atlas 旨在以统一的分析框架对多种癌症类型进行跨癌种整合研究,皮肤黑色素瘤是其中的组成部分之一。数据集在 cBioPortal 平台上以 Skin Cutaneous Melanoma (TCGA, PanCancer Atlas) 为标题对外呈现,主题标签为 skcm,便于用户按癌种标签定位。源站描述指出,该数据为皮肤黑色素瘤的 TCGA PanCancer 数据,并分别给出了原始数据的所在位置以及相关出版物的所在位置,为使用者进一步查阅底层数据与文献提供了线索。
【数据内容】
依据源站描述,该数据集的内容为皮肤黑色素瘤的 TCGA PanCancer 数据。数据集的主题标签为 skcm。除此之外,关于具体的样本数量、组学层次、临床字段、突变或拷贝数等具体指标,源站未提供,因此无法在本介绍中展开。使用者若需了解数据的具体构成,应前往 cbioportal.org 上该数据集的页面查看。
【采集与来源】
该数据集来源于 cbioportal.org,属于 TCGA PanCancer 项目下的皮肤黑色素瘤数据。源站描述中明确提到“原始数据在此处”“出版物在此处”,表明该数据集在 cBioPortal 上的呈现是基于原始数据整理而来,并配有对应的出版物链接。数据集标注了若干 PMID,包括 29625048、29596782、29622463、29617662、29625055、29625050、29617662、30643250、322 等,这些标识可用于检索与该数据集相关的文献。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批等具体流程信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于皮肤黑色素瘤相关的肿瘤研究场景,例如在 cBioPortal 平台上进行癌种数据的浏览、检索与初步探索。由于主题标签为 skcm,使用者可以借助该标签在平台内定位同一癌种的数据资源。该数据集也可用于追溯 TCGA PanCancer 项目中皮肤黑色素瘤部分所对应的文献,通过所列 PMID 查找相关出版物,了解数据产生的背景与用途。关于该数据集是否适用于特定类型的统计分析、临床解读或商业用途,源站未提供明确说明。
【使用方法】
使用者可通过来源站 cbioportal.org 访问该数据集,标题为 Skin Cutaneous Melanoma (TCGA, PanCancer Atlas)。在平台内可依据主题标签 skcm 进行检索与筛选。源站描述中提供了原始数据与出版物的指引链接,使用者可据此进一步获取底层数据与相关文献。关于具体的下载方式、数据格式、接口调用方法或分析工具的使用步骤,源站未提供,需以 cBioPortal 平台的实际说明为准。
【质量与限制】
该数据集标注了多篇相关文献的 PMID,可作为追溯数据来源与研究方法的基础。但关于数据的完整性、准确性、更新频率、样本量、是否存在批次效应或平台差异等质量相关信息,源站未提供。此外,该数据集在分类上归入肿瘤 / 其他,其具体适用范围与局限性需结合源站页面及所列文献自行判断。本介绍无法就数据质量作出进一步评价。
【引用与许可】
该数据集的相关文献可通过所列 PMID 进行引用与检索,包括 29625048、29596782、29622463、29617662、29625055、29625050、29617662、30643250、322 等。源站描述中亦提供了出版物的指引链接,便于使用者获取正式引用信息。关于该数据集的具体许可条款、使用限制或再分发要求,源站未提供,使用者应以 cbioportal.org 上的相关说明为准。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=skcm_tcga_pan_can_atlas_2018
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Skin Cutaneous Melanoma TCGA PanCancer data. The original data is here . The publications are here .
需要用于商业化训练或医疗器械注册(NMPA/FDA)?
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连,提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。




