肾透明细胞癌(东京大学,自然·遗传学 2013)

cBioPortal: Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013) 是一个在 cbioportal.org 上发布的透明细胞肾细胞癌基因组数据集,核心内容为 106 对肿瘤/正常样本的全外显子组和/或全基因组测序,主题标签为 ccrcc,本

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基因组分类ccrcc
cBioPortal: Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

肾透明细胞癌(东京大学,自然·遗传学 2013)

cBioPortal: Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013) 是一个在 cbioportal.org 上发布的透明细胞肾细胞癌基因组数据集,核心内容为 106 对肿瘤/正常样本的全外显子组和/或全基因组测序,主题标签为 ccrcc,本站将其归入“肿瘤 / 其他”类别。

【数据集背景】

该数据集的源站标题为 Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013),名称中带有 UTokyo 与 Nat Genet 2013 等线索。源站描述指出,它围绕透明细胞肾细胞癌展开测序研究。除标题、癌种以及 2013 年相关文献线索外,源站未提供更详细的研究背景、队列设计、临床背景或研究假设。其关联文献标识为 pmid:23797736,可作为追溯原始研究信息的入口。

【数据内容】

根据源站描述,该数据集包含 106 对透明细胞肾细胞癌肿瘤/正常配对样本,并采用全外显子组测序和/或全基因组测序。数据以肿瘤与正常样本配对的形式出现,测序策略覆盖全外显子组和/或全基因组两个层面。除上述样本对数、癌种和测序策略外,源站未提供关于具体变异类型、突变谱、拷贝数、表达数据、临床注释、随访信息或数据文件结构的进一步说明。

【采集与来源】

数据来源站为 cbioportal.org,源站标题为 Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013),主题标签为 ccrcc,关联文献标识为 pmid:23797736。源站描述明确提到 106 对透明细胞肾细胞癌肿瘤/正常配对的 whole exome and/or whole genome sequencing。关于样本采集机构、伦理审批、测序平台、建库方法、数据产生时间线等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于透明细胞肾细胞癌的基因组研究场景,例如围绕肿瘤/正常配对的全外显子组和/或全基因组测序数据开展探索性分析。由于本站分类为“肿瘤 / 其他”,它也可作为肿瘤基因组数据资源的一部分,用于与 ccrcc 主题相关的研究检索和整合。具体可支撑的分析类型、统计功效或临床转化用途,源站未提供。

【使用方法】

该数据集发布在 cbioportal.org,可通过该来源站进行访问和检索。用户可根据源站标题、透明细胞肾细胞癌、主题标签 ccrcc 以及关联文献标识 pmid:23797736 定位该数据集。关于下载格式、数据加载方式、在线分析工具、API 调用或本地分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

源站描述给出了 106 对肿瘤/正常样本以及全外显子组和/或全基因组测序策略,但未提供质量控制指标、测序深度、覆盖度、样本纳入与排除标准、批次效应评估、数据完整性说明或已知局限性。因此,使用时应直接参考源站及关联文献,并注意源站未提供上述质量与限制信息。该数据集聚焦透明细胞肾细胞癌,其结论外推至其他癌种或一般人群时需谨慎,具体限制源站未提供。

【引用与许可】

关联文献标识为 pmid:23797736。数据集英文名称为 cBioPortal: Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013),源站标题为 Renal Clear Cell Carcinoma (UTokyo, Nat Genet 2013)。引用相关信息可参考数据集名称、源站标题和 pmid:23797736;关于具体引用格式、许可协议、使用条款、再分发条件或商业使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://cbioportal.org/study/summary?id=ccrcc_utokyo_2013

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对106对透明细胞肾细胞癌肿瘤/正常样本进行了全外显子组和/或全基因组测序。

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