cBioPortal 肾细胞癌数据集（St. James，Clin Cancer Res 2023）
源站描述显示，其内容为 943 例肾透明细胞癌样本及其配对正常样本的靶向测序。数据覆盖肾透明细胞癌（ccrcc）这一主题，可用于肿瘤相关研究，例如基于测序特征的样本分类、变异分析及配对正常样本的对比研究
基本信息
资源简介
cBioPortal 肾细胞癌数据集（St. James，Clin Cancer Res 2023）
cBioPortal 收录的 Renal Cell Carcinoma (St. James, Clin Cancer Res 2023) 是一个聚焦肾透明细胞癌的肿瘤测序数据集。该数据集来源于 cbioportal.org，源站标题为 Renal Cell Carcinoma (St. James, Clin Cancer Res 2023)，相关文献标识为 pmid:36815791。其核心内容是对 943 例肾透明细胞癌样本及其配对正常样本进行靶向测序，主题标签为 ccrcc。整体来看，该数据集围绕肾透明细胞癌的基因组变异特征展开，适合用于肿瘤相关研究，包括基于测序特征的样本分类、变异分析以及肿瘤与配对正常样本之间的对比研究，为肾透明细胞癌的分子层面探索提供了数据基础。
【数据集背景】
肾透明细胞癌是肾细胞癌中最常见的亚型之一，其分子机制和基因组变异特征一直是肿瘤研究的重要方向。该数据集由 St. James 相关研究团队完成，研究成果发表于 Clin Cancer Res，文献标识为 pmid:36815791。数据集被 cBioPortal 收录并归入肿瘤 / 其他分类，主题标签为 ccrcc，说明其核心研究对象是肾透明细胞癌。通过靶向测序手段，该数据集旨在刻画肾透明细胞癌样本的基因组变异情况，并结合配对正常样本提供对照信息，从而支持对肿瘤特异性变异的识别与分析。
【数据内容】
该数据集包含 943 例肾透明细胞癌样本及其匹配的正常样本，采用靶向测序技术生成。源站描述明确指出，其内容为 943 例肾透明细胞癌样本及其配对正常样本的靶向测序。配对正常样本的存在使得研究者能够在同一背景下区分肿瘤中获得性变异与胚系变异，从而更准确地识别与肾透明细胞癌相关的体细胞改变。数据集的主题标签为 ccrcc，表明其内容集中围绕肾透明细胞癌这一特定肿瘤类型。除上述信息外，关于具体测序 panel 覆盖的基因列表、变异类型分布、临床注释字段等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 cbioportal.org，源站标题为 Renal Cell Carcinoma (St. James, Clin Cancer Res 2023)。其原始研究发表于 Clin Cancer Res，文献标识为 pmid:36815791。数据集由 St. James 相关机构或研究团队贡献，具体采样地点、样本收集时间跨度、伦理审批信息以及测序平台型号等，源站未提供。数据通过 cBioPortal 平台进行整合与展示，用户可通过该平台访问相关测序数据及其配套信息。
【适用场景】
基于其内容特征，该数据集可用于多种肿瘤研究场景。首先，可用于基于测序特征的样本分类研究，例如利用靶向测序得到的变异谱对肾透明细胞癌样本进行分子分型。其次，可用于变异分析，识别在肾透明细胞癌中反复出现的基因突变、拷贝数改变或其他基因组异常。第三，由于包含配对正常样本，该数据集特别适合开展肿瘤与正常样本的对比研究，以区分体细胞变异与胚系变异。此外，该数据集还可用于验证已知的肾透明细胞癌相关分子标志物，或作为更大规模荟萃分析的一部分。主题标签 ccrcc 表明其应用范围主要集中于肾透明细胞癌领域。
【使用方法】
该数据集可通过 cbioportal.org 进行访问和探索。cBioPortal 作为肿瘤基因组数据平台，通常提供数据下载、在线可视化及分析功能。研究者可以利用该平台查看样本层面的变异信息、进行队列级别的变异频率统计，以及开展生存分析等。由于数据集包含配对正常样本，用户在使用时应注意区分肿瘤样本与正常样本的标识，以便正确进行体细胞变异调用和对比分析。关于具体的下载格式、API 接口、分析工具版本等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集样本量为 943 例肾透明细胞癌样本及其配对正常样本，规模较大，且采用靶向测序，具有较好的针对性。配对正常样本的设计有助于提高体细胞变异识别的准确性。然而，靶向测序通常仅覆盖特定基因区域，可能无法全面捕获全基因组或全外显子组的变异信息，因此其发现范围受限于所靶向的基因集合。此外，关于样本的临床随访完整性、测序深度、数据质控指标以及批次效应等信息，源站未提供。使用者应结合具体研究目的评估数据适用性。
【引用与许可】
该数据集对应的文献标识为 pmid:36815791，发表于 Clin Cancer Res。使用该数据集时，应引用原始研究文献。关于数据的具体许可协议、使用条款以及再分发限制，源站未提供。建议用户访问 cbioportal.org 查看该数据集页面以获取最新的引用要求和许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://cbioportal.org/study/summary?id=ccrcc_sjuh_2023
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Targeted sequencing of 943 renal clear cell carcinoma samples and their matched normals.
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
