转移性肾透明细胞癌（一期生物标志物试验，Clin Cancer Res. 2016）- iAtlas统一数据集

资源简介

转移性肾透明细胞癌（一期生物标志物试验，Clin Cancer Res. 2016）- iAtlas统一数据集

cBioPortal 收录的“Metastatic Renal Clear Cell Carcinoma (Phase 1 Biomarker Trial, Clin Cancer Res. 2016) - iAtlas Harmonized”数据集，聚焦于转移性肾透明细胞癌的基因组与新抗原特征。该数据集整合了来自一项 nivolumab 开放标签、平行、四组 1b 期研究的样本，包含 16 例转移性肾透明细胞癌及其配对正常样本的全外显子测序和新抗原图谱分析数据。原始测序数据的再处理工作由 CRI iAtlas 协调完成。数据集以 ccrcc 为主题标签，归类于肿瘤 / 其他方向，旨在为肾透明细胞癌的免疫治疗相关研究提供可用的基因组学资源。

【数据集背景】

该数据集来源于一项针对转移性肾透明细胞癌的 1b 期临床研究，研究设计为开放标签、平行、四组，干预药物为 nivolumab。相关研究结果发表于 Clin Cancer Res. 2016，对应 PMID 为 27169994。数据集在 cBioPortal 平台发布，并经过 CRI iAtlas 的协调再处理，形成 iAtlas Harmonized 版本。其核心科学背景在于探索转移性肾透明细胞癌在免疫检查点抑制剂治疗场景下的全外显子组变异特征及新抗原图谱，为理解该癌种的分子特征与免疫治疗关联提供基础数据。

【数据内容】

数据集包含 16 例转移性肾透明细胞癌样本及其配对正常样本。检测层面涵盖全外显子测序和新抗原图谱分析。全外显子测序用于捕获肿瘤与正常样本间的体细胞变异信息，新抗原图谱分析则用于评估肿瘤新抗原的总体特征。配对正常样本的存在使得在分析中能够区分胚系变异与肿瘤特异性变异。数据集的主题标签为 ccrcc，即肾透明细胞癌的常用缩写。数据以 iAtlas Harmonized 形式提供，表明其经过统一的处理流程协调。

【采集与来源】

样本采集自一项开放标签、平行、四组、1b 期 nivolumab 研究，研究对象为转移性肾透明细胞癌患者。原始测序数据的再处理由 CRI iAtlas 协调完成。数据集来源站为 cbioportal.org，源站标题与数据集英文名一致。数据集的 DOI 标识为 pmid:27169994，指向其关联的临床研究发表文献。本站将其归类于肿瘤 / 其他分类下。

【适用场景】

该数据集适用于转移性肾透明细胞癌的基因组变异分析、新抗原预测与验证、免疫治疗相关生物标志物探索等研究方向。由于包含配对正常样本，可用于体细胞突变调用和肿瘤特异性变异筛选。全外显子测序数据可用于评估肿瘤突变负荷、驱动基因变异及拷贝数变化等。新抗原图谱数据可用于研究肿瘤免疫原性及其与免疫检查点抑制剂治疗的潜在关联。此外，该数据集可作为肾透明细胞癌公共数据资源，用于方法学比较或与其他队列的整合分析。

【使用方法】

用户可通过 cBioPortal 平台访问该数据集，利用平台提供的可视化与查询工具进行基因变异浏览、样本筛选和临床信息关联分析。对于需要原始或处理后的测序数据的研究者，可依据数据集页面提供的指引获取相应文件。由于数据经过 iAtlas Harmonized 处理，建议在使用前了解其协调流程和版本信息。在分析时，应注意区分肿瘤样本与配对正常样本，并参考关联文献（PMID: 27169994）中的研究设计与方法学细节。对于新抗原相关分析，应结合全外显子测序结果进行综合解读。

【质量与限制】

该数据集样本量较小，仅包含 16 例转移性肾透明细胞癌及其配对正常样本，可能限制统计功效和结论的普适性。数据来源于单一 1b 期研究，研究设计为开放标签、平行、四组，可能存在选择偏倚。虽然原始测序数据经过 CRI iAtlas 协调再处理，但具体质控指标、覆盖深度、变异过滤标准等未在源站描述中提供。新抗原图谱分析的具体算法和阈值同样未在源站描述中说明。因此，在解释结果时需谨慎，并建议结合原始文献及平台提供的补充信息进行评估。

【引用与许可】

该数据集关联的文献 DOI 为 pmid:27169994，对应 Clin Cancer Res. 2016 发表的转移性肾透明细胞癌 1b 期 nivolumab 研究。使用该数据集时，应引用原始文献及 cBioPortal 和 CRI iAtlas 的相关资源。关于数据许可的具体条款，源站未提供。建议用户访问 cbioportal.org 数据集页面或联系数据提供方，以获取准确的许可与使用条件信息。