斑马鱼幼鱼Kmo morphant或对照morphant感染鼠伤寒沙门氏菌后分离巨噬细胞的bulk RNA测序

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Aad9550b2792cf6620d38310f1456281f9ed7ca87236645be46fcf78d58b0246d

标准获取流程：

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3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
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数据说明

色氨酸降解的犬尿氨酸途径已被认为与多种疾病相关，包括癌症、神经退行性疾病和感染性疾病。该途径的一个关键分支点是由犬尿氨酸3-单加氧酶（Kmo）生成代谢物3-羟基犬尿氨酸（3-HK）。我们最近发现，给予外源性3-HK可通过一种靶向海人藻酸敏感性谷氨酸受体（KAR）离子通道的全身性机制，限制巨噬细胞内细菌的扩增，从而促进斑马鱼幼鱼在鼠伤寒沙门菌感染中的存活。在此，我们表明，由Kmo内源性产生的3-HK同样是在体内防御全身性鼠伤寒沙门菌感染所必需的，并且内源性3-HK产生的缺失会损害巨噬细胞的杀菌活性，导致细菌扩增增加。在机制上，3-HK通过拮抗KARs来促进溶酶体酸化，进而控制细菌负荷。最后，我们估……，对受精后3天斑马鱼幼鱼分离的巨噬细胞进行批量RNA测序转录组分析。

通过酶消化由5只纯合Tg(mpeg1:mCherry)转基因动物组成的组（每组7-13个生物学重复/条件）获得的单细胞悬液中，批量分离出荧光标记的细胞，这些动物分别注射了翻译阻断型kmo吗啉代寡核苷酸（Kmo MO）或标准对照吗啉代寡核苷酸（Ctrl MO）。采用内部改良的Smart-seq2方案结合Nextera XT文库制备试剂盒（Illumina公司，加利福尼亚州圣迭戈），从50-800个收集细胞范围内构建cDNA文库。测序前，使用TapeStation 2200系统（Agilent）和Qubit荧光计（Invitrogen）评估文库大小和浓度。样品进行多重化，并使用NovaSeq SP测序系统（Illumina）生成双端序列，每个样品产生5.5e10^7条reads。样品进行去多重化，FASTQ文

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。