默克尔细胞癌靶向测序及临床预后数据集

源自纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)IMPACT临床测序队列,包含默克尔细胞癌患者的定向基因大面板测序数据,并整合了生存期、治疗史等深度临床随访信息。由Memorial Sloan Kettering Cancer Center提供,来自cBioPortal for Cancer Genomics,数据格式为表格,包含24条数据记录,适用于分类任务,许可证为Apache-2.0。

Memorial Sloan Kettering Cancer CenterMemorial Sloan Kettering Cancer Center
cBioPortal for Cancer Genomics
2024-01-15 更新
浏览 34
表格分类mixed
MSK-IMPACT Merkel Cell Carcinoma Cohort

基本信息

模态
表格
大小
1.1 GB
数据量
24
任务类型
分类
许可
Apache-2.0
创建/更新时间
2024-01-15

资源简介

默克尔细胞癌靶向测序及临床预后数据集

【一句话概览】

MSK-IMPACT 临床测序队列(MSK,Nat Med 2017)采用 MSK-IMPACT 检测方法,对 10,000 例临床病例进行了靶向测序。该数据集标签为 mixed(来源 cBioPortal)。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《MSK-IMPACT Clinical Sequencing Cohort (MSK, Nat Med 2017)》。

【数据内容】

源站原始描述:Targeted sequencing of 10,000 clinical cases using the MSK-IMPACT assay

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):使用MSK-IMPACT检测 panel 对10,000例临床病例进行靶向测序

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:pmid:28481359。

【主题与分类】

主题标签:mixed。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cbioportal.org/study/summary?id=msk_impact_2017

规范引用:Zehir et al. Nat Med 2017

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源站:https://www.cbioportal.org/study/summary?id=msk_impact_2017

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.10 GB。

数据说明

源自纪念斯隆-凯特琳癌症中心(MSKCC)IMPACT临床测序队列,包含默克尔细胞癌患者的定向基因大面板测序数据,并整合了生存期、治疗史等深度临床随访信息。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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