PRJNA96649：弥漫性大B细胞淋巴瘤发病机制相关的染色体畸变与转录特征

数据围绕弥漫性大B细胞淋巴瘤发病机制相关的染色体畸变与转录特征展开，可用于研究该疾病的变异与转录层面特征。源站未提供样本量、测序平台、数据

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基因组分类Variation

PRJNA96649: Chromosomal abberations and transcriptional characteristics linked to the pathogenesis of diffuse large b-cell lymphomas

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA96649：弥漫性大B细胞淋巴瘤发病机制相关的染色体畸变与转录特征

PRJNA96649 是一个围绕弥漫性大B细胞淋巴瘤（diffuse large B-cell lymphoma）发病机制展开的生物学研究项目，其英文全称为“Chromosomal abberations and transcriptional characteristics linked to the pathogenesis of diffuse large b-cell lymphomas”。该项目在 NCBI BioProject 中以 Homo sapiens（ID 96649）的形式收录，本站将其归类于肿瘤 / 淋巴瘤方向，主题标签为 Variation。整体来看，该数据集聚焦于染色体畸变与转录特征这两个层面，旨在为理解弥漫性大B细胞淋巴瘤的发病机制提供变异与转录水平的数据支撑。源站未提供样本量、测序平台及具体数据类型等细节，因此其覆盖范围与规模尚无法从现有信息中确定。

【数据集背景】

弥漫性大B细胞淋巴瘤是来源于B淋巴细胞的一类恶性肿瘤，其发病机制通常涉及基因组层面的结构变异与基因表达层面的转录调控异常。该数据集以“染色体畸变与转录特征”为切入点，将研究目标定位于揭示这些变异与转录变化如何与疾病的发生发展相关联。从 NCBI BioProject 的定位来看，该项目属于一个由单一组织或联合体发起的生物学数据集合，围绕特定研究计划汇集多种类型的数据，便于用户在一个统一入口下获取与该计划相关的数据链接。主题标签 Variation 进一步表明，该数据集的核心关注点在于变异层面的信息。

【数据内容】

该数据集的内容围绕弥漫性大B细胞淋巴瘤发病机制相关的染色体畸变与转录特征展开。根据源站描述，BioProject 记录本身并不直接承载全部原始数据，而是提供一个集中位置，用于链接该项目所产生的多种数据类型。因此，该数据集在内容层面主要体现为一个项目级的索引与关联入口，指向与染色体畸变和转录特征相关的数据资源。源站未提供具体的样本数量、测序平台、数据文件格式、基因列表或变异位点等细节，故无法进一步说明其数据组成的具体规模与形式。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 的形式收录，项目编号为 PRJNA96649，物种为 Homo sapiens。源站描述指出，BioProject 是来源于单一组织或联合体的、与某一研究计划相关的生物学数据集合，其记录为用户提供查找该项目所产生多种数据类型链接的统一位置。除上述来源信息外，源站未提供样本采集方式、实验设计、测序策略或数据处理流程等具体信息。

【适用场景】

基于其主题标签与标题，该数据集可用于研究与弥漫性大B细胞淋巴瘤发病机制相关的染色体畸变与转录特征，适用于在变异与转录层面探索该疾病的分子特征。由于该项目以 BioProject 形式组织，用户可借助其记录定位并访问与该项目相关的多种数据类型，从而支持对疾病机制的分析。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的用途说明。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 中编号为 PRJNA96649 的记录访问该项目，并利用其提供的链接查找与该项目相关的多种数据类型。该记录作为统一入口，便于用户在不同数据类型之间进行关联与检索。源站未提供具体的数据下载方式、分析工具或操作步骤等信息。

【质量与限制】

该数据集来源于 NCBI BioProject，属于项目级记录，其描述强调为用户提供查找相关数据类型的统一入口。源站未提供关于数据质量、完整性、准确性或技术验证方面的信息。此外，源站未提供样本量、测序平台、数据规模及具体数据类型等细节，因此在使用时需注意这些信息的缺失可能带来的限制。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA96649。源站未提供具体的引用格式、许可条款或使用限制等信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE5138

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA96649

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们将阵列比较基因组杂交(aCGH)数据叠加到现有的表达谱(GSE3892)上，以筛选出一系列明确界定的弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)发病机制中的关键基因。共识别出280个增益且过表达的基因，位于染色体1q、3q、7、12p12、18q和21q上。在最常增益的区域，癌基因MDMX/MDM4同时过表达，它是p53功能的关键调节因子。在频繁染色体丢失的区域，有36个基因同时下调，局限于6q和15p。这些推测的肿瘤抑制基因包括PERP、MAP3K5、CCNDBP1和ß2M，且6q的丢失与不良临床结果相关。所识别的基因和染色体区域在一个独立的DLBCL患者系列中得到了验证。关键词：比较基因组杂交总体设计：总体设计字段：对42例弥漫性大B细胞淋巴瘤患者样本的拷贝数谱(阵列CGH)进行了分析，a) 针对畸变的频率，b) 针对对基因表达的影响。未分析重复样本或染料交换。

a) Array CGH数据的统计分析调用：通过统计软件包“CGHcall”中的Bluefuse比值，确定了整个数据集中增益和缺失区域及其频率（van de Wiel等，2007）。简而言之，在平滑异常值和中位数归一化后，在CGHcall中应用了“DNAcopy”分割（Olshen等，2004），之后为基因组上的每个位置分配了一个调用。在CGHcall中，每个染色体臂的调用概率被确定，并且对每个样本应用了0.75的细胞构成校正，因为考虑到所有基质、内皮和浸润淋巴细胞，所有DLBCL中的肿瘤细胞构成估计最大为75%。调用后，我们应用了“CGHregions”（van de Wiel和van Wieringen 2007）来确定具有高度相似性的连续克隆区域

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别