PRMT5作为自发犬非霍奇金淋巴瘤候选治疗靶点的验证[ATAC-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE156084

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

靶向犬淋巴瘤中的PRMT5：我们利用组织微阵列表征了PRMT5在犬淋巴瘤中的表达模式，并将其与组织学亚型进行关联。我们在三种犬淋巴瘤来源的细胞系和原代淋巴结活检样本中表征了PRMT5的表达。我们已证明，抑制PRMT5能够以时间和剂量依赖的方式导致犬淋巴瘤细胞系及原代犬淋巴瘤细胞生长抑制和凋亡诱导，同时选择性降低对称二甲基精氨酸（SDMA）和组蛋白H4精氨酸3对称二甲基化的整体标志物水平。我们进行了ATAC测序及通路富集分析，以表征PRMT5抑制后染色质可及性的全基因组变化。我们进行了基因表达微阵列及通路分析，以表征经PRMT5抑制剂处理的犬淋巴瘤细胞系的全转录组变化。本研究验证了PRMT5作为犬淋巴瘤有前景的治疗靶点，并支持继续使用自发发生的犬淋巴瘤模型进行PRMT5抑制剂治疗人类NHL的临床前开发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。