犬全血全基因组亚硫酸氢盐测序甲基化数据集

资源简介

犬全血全基因组亚硫酸氢盐测序甲基化数据集

GSE309781 是一个以犬全血为样本、采用全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）技术产生的甲基化数据集，来源为 NCBI GEO，编号 GSE309781。该数据集属于 SuperSeries，由下方列出的 SubSeries 组成，主题标签涵盖高通量测序甲基化分析、GPL25760 平台以及物种分类编号 9615。数据集当前提供 1 个文件，样例文件为 GSE309781_series_matrix.txt.gz，作者为 Miyuki Nakamura，发布时间为 Nov 13 202。本站将其归类于免疫系统疾病 / 其他。整体而言，该数据集面向犬全血样本的 DNA 甲基化谱研究，适合作为相关表观遗传学分析的起点。

【数据集背景】

该数据集的全称为“Methylome dataset by Whole-genome bisulfite sequencing (WGBS) using whole blood of dogs”，即利用犬全血开展全基因组亚硫酸氢盐测序所获得的甲基化数据集。全基因组亚硫酸氢盐测序是一种在单碱基分辨率上检测 DNA 甲基化状态的常用高通量测序策略，通常用于绘制基因组范围的甲基化图谱。该数据集以犬为研究对象，样本类型为全血，主题标签中包含“Methylation profiling by high throughput sequencing”，表明其核心用途是甲基化谱分析。数据集属于 SuperSeries 结构，源站描述指出该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成，说明其可能整合了若干子系列的数据。本站分类将其归入免疫系统疾病 / 其他，提示其可能与免疫系统相关研究存在关联，但具体疾病指向源站未提供。

【数据内容】

该数据集当前包含 1 个文件，样例文件名为 GSE309781_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩格式，通常用于承载系列矩阵信息。主题标签包括 Methylation profiling by high throughput sequencing、GPL25760 和 9615，分别指向高通量测序甲基化分析、所使用的平台编号以及物种分类编号。数据集属于 SuperSeries，由下方列出的 SubSeries 组成，但源站未提供 SubSeries 的具体清单、样本数量、测序深度、覆盖度、甲基化位点数目等细节。文件数量为 1，说明当前可获取的数据文件较为有限，可能仅包含汇总性的系列矩阵文件，而非原始测序读段或完整的甲基化调用结果。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库，编号为 GSE309781。作者为 Miyuki Nakamura，发布时间为 Nov 13 202。样本来源为犬的全血，采用全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）技术进行甲基化检测。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成，未提供具体的采集地点、伦理审批信息、样本处理流程、文库构建方法或测序平台运行参数。平台信息以 GPL25760 标签形式出现，但源站未提供该平台的详细说明。物种分类编号为 9615，对应犬。整体来看，该数据集依托 NCBI GEO 公共数据库发布，具备可追溯的来源标识，但采集与实验流程的详细描述源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于犬全血样本 DNA 甲基化谱的分析与研究。基于其主题标签，可用于高通量测序甲基化数据的探索性分析，例如甲基化水平概览、样本间甲基化模式比较等。由于属于 SuperSeries，可能适合用于整合分析其下属 SubSeries 所代表的子研究。本站分类将其归入免疫系统疾病 / 其他，提示其可能适用于免疫系统相关表观遗传学研究场景，但具体疾病关联与生物学结论源站未提供。此外，该数据集也可作为方法学参考，用于了解犬全血 WGBS 数据的组织与发布形式。适用场景的具体范围需结合源站提供的 SubSeries 信息进一步确认，而该信息当前未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，可先下载数据文件 GSE309781_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式进行读取与解压。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因格式或编码问题导致的分析错误。由于当前仅有 1 个文件，使用时应确认该文件是否包含完整的系列矩阵信息，以及是否足以支撑预期的分析目标。若需获取 SubSeries 或原始测序数据，需进一步访问源站，但源站未提供具体下载路径或子系列清单。使用过程中应注意遵守 NCBI GEO 的数据使用规范，具体许可条款源站未提供。

【质量与限制】

该数据集当前仅提供 1 个文件，且为 GZIP 压缩的系列矩阵文件，可能不包含原始测序读段或完整的甲基化位点调用结果。源站描述仅说明该 SuperSeries 由下方列出的 SubSeries 组成，未提供 SubSeries 的具体内容、样本数量、测序质量指标、覆盖度、重复性验证或批次效应等信息。发布时间为 Nov 13 202，但年份显示不完整，可能影响时间追溯的准确性。作者信息仅列出 Miyuki Nakamura，未提供其他贡献者或所属机构。平台 GPL25760 的具体参数、物种分类编号 9615 的详细注释以及免疫系统疾病分类的依据均源站未提供。因此，该数据集在质量评估与适用范围界定上存在信息缺口，使用者需谨慎对待其完整性与代表性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Miyuki Nakamura，来源为 NCBI GEO，编号 GSE309781。引用时应注明数据集编号、作者及来源站点。许可信息源站未提供，使用前需查阅 NCBI GEO 的相关政策与数据使用条款。主题标签中的 GPL25760 与 9615 可作为平台与物种标识一并引用。由于源站未提供具体的许可声明或授权范围，建议在使用该数据集时遵循公共数据库的一般引用规范，并直接访问源站确认最新许可要求。