健康犬外周白细胞单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE301630

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

单细胞RNA测序（scRNA seq）是解析人类和兽医学中细胞异质性的强有力方法。尽管此前的犬类研究已在单细胞水平上分析了外周白细胞，但特定免疫亚群的准确鉴定、功能表征及临床相关性仍未被充分探索。本研究旨在构建健康犬外周血白细胞的全面单细胞图谱，并揭示维持其稳态的分子机制。我们采用10x Genomics Chromium平台，对六只临床健康的小型成年犬的外周白细胞进行了scRNA seq。测序reads基于canFam4进行比对和注释，数据在Seurat（v.5.1.0）中经过标准质控、归一化和整合流程处理。下游生物信息学和统计分析在RStudio（v.4.2.0）中完成。经过滤后，我们获得了30,040个高质量单细胞转录组，聚类为51个不同的免疫亚群。

利用canFam4提升了单细胞及关键谱系和功能标记物的回收率，例如CD14⁺CD33+单核细胞、XCR1⁺CD1D⁺树突状细胞、CEACAM1+CD24⁺中性粒细胞以及IL32⁺BATF⁺调节性T细胞，这些细胞在基于canFam3.1的研究中此前代表性不足。我们还鉴定出与犬黏液瘤性二尖瓣疾病相关的干扰素富集CD14⁺单核细胞和CD4⁺T细胞亚群。对CD274⁺髓系和PDCD1⁺T细胞簇的分析提供了证据，表明IL-10信号传导、苹果酸代谢（MDH1/MDH2）以及病毒应答通路（LAG3、CD47、TBX21）在维持稳态中发挥作用。最后，T细胞耗竭评分和增殖（循环）T细胞比例的队列特异性差异指向了不同的抗原暴露。循环犬白细胞的单细胞转录组图谱揭示了新的、具有临床相关性的免疫亚群以及维持免疫稳态的分子通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。