支气管肺泡灌洗液蛋白质组学

该数据集为基于质谱的支气管肺泡灌洗液蛋白质组分析,来源于一个观察性前瞻性队列,包含90例疑似肺癌病例(2014年诊断:疑似7例、无肺癌疑似47例、肺癌36例),并随访两年(疑似2例、无肺癌疑似39例、肺癌49例)

omicsdi
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蛋白质分类HumanLung cancerBronchoalveolar lavage
Bronchoalveolar Lavage proteomics

基本信息

模态
蛋白质
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

支气管肺泡灌洗液蛋白质组学

该数据集为基于质谱的支气管肺泡灌洗液蛋白质组分析,来源于一个观察性前瞻性队列,包含90例疑似肺癌病例。根据2014年的诊断结果,这些病例被分为三组:疑似7例、无肺癌疑似47例、肺癌36例。随后该队列接受了为期两年的随访,随访后的分组情况为:疑似2例、无肺癌疑似39例、肺癌49例。数据集的主题标签涵盖人类、肺癌与支气管肺泡灌洗。整体而言,该数据集提供了从支气管肺泡灌洗液中获取的蛋白质组信息,可用于探索与肺癌相关的蛋白质表达特征,并反映了一个具有临床随访背景的样本集合。

【数据集背景】

该数据集所属分类为肿瘤/肺癌,来源于omicsdi.org。其研究对象为一个观察性前瞻性队列,由90例疑似肺癌病例组成。队列在2014年进行了诊断分类,并随后接受了为期两年的随访。支气管肺泡灌洗液作为一种与肺部疾病密切相关的生物样本,被用于基于质谱的蛋白质组分析。该数据集的建立背景与肺癌的临床疑似诊断及随访观察相关,旨在通过蛋白质组层面的分析,为肺癌相关研究提供数据支持。

【数据内容】

该数据集的核心内容为基于质谱的支气管肺泡灌洗液蛋白质组分析结果。样本来自一个包含90例疑似肺癌病例的观察性前瞻性队列。根据2014年诊断,队列构成包括疑似7例、无肺癌疑似47例和肺癌36例。经过两年随访,病例构成变为疑似2例、无肺癌疑似39例和肺癌49例。数据集的主题标签包括Human、Lung cancer和Bronchoalveolar lavage,表明其涉及人类样本、肺癌主题以及支气管肺泡灌洗液样本类型。数据内容围绕蛋白质组分析展开,但具体蛋白质种类、丰度或质谱参数等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为omicsdi.org。样本采集自一个观察性前瞻性队列,该队列由90例疑似肺癌病例组成。采集的样本类型为支气管肺泡灌洗液,并采用基于质谱的方法进行蛋白质组分析。队列在2014年进行了诊断分类,并接受了为期两年的随访。关于具体的采集地点、采集时间窗口、样本处理流程、质谱仪器型号或数据采集参数等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肺癌相关的蛋白质组学研究,尤其是涉及支气管肺泡灌洗液样本的分析场景。潜在应用包括探索肺癌发生发展相关的蛋白质标志物、比较不同诊断分组(如疑似、无肺癌疑似和肺癌)之间的蛋白质组差异,以及结合两年随访信息进行纵向蛋白质组变化分析。此外,该数据集也可用于方法学验证或作为肺癌蛋白质组研究的参考数据。但具体适用场景需结合源站提供的完整信息,源站未提供更详细的适用说明。

【使用方法】

该数据集的使用方法需依据源站omicsdi.org提供的访问方式与数据格式。由于源站未提供具体的数据下载链接、文件格式、预处理步骤或分析工具建议,因此无法在此描述详细的使用流程。用户应参考源站的相关文档或说明,以获取数据访问与使用的具体指引。源站未提供关于数据使用方法的进一步信息。

【质量与限制】

该数据集基于一个观察性前瞻性队列,样本量为90例,并包含两年随访信息。然而,关于数据质量的具体指标,如质谱数据的分辨率、覆盖率、重复性、缺失值比例等,源站未提供。此外,队列中各组样本量在随访前后发生变化,可能影响纵向比较的统计效力。其他潜在限制,如样本采集标准化程度、诊断分类的准确性、随访完整性等,源站未提供。因此,使用该数据集时需注意上述未明确的信息,并依据源站提供的元数据评估其适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可信息,源站未提供。用户在使用该数据集时,应查阅源站omicsdi.org的相关页面,以获取准确的引用要求与许可条款。源站未提供具体的引用格式或使用许可说明。

下载信息

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使用方式

数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD004700

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基于质谱的蛋白质组分析,针对一个观察性前瞻性队列,该队列包含90例疑似肺癌病例(2014年诊断时,疑似=7例,非肺癌疑似=47例,肺癌=36例),并对其进行了为期两年的随访(疑似=2例,非肺癌疑似=39例,肺癌=49例)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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