用直接重编程的人肝细胞衍生的类器官模拟肝癌起始
该数据集包含利用直接重编程的人肝细胞构建的类器官模型，用于模拟肝癌起始过程，数据模态涉及基因工程改造的细胞与分子生物学数据。其主要研究方向是探究肝细胞癌和肝内胆管癌的起源机制，通过基因操纵模拟癌症发生，并识别如线粒体-内质网耦合等关键靶点，为肝癌的预防性治疗提供实验依据和潜在策略。
基本信息
资源简介
用直接重编程的人肝细胞衍生的类器官模拟肝癌起始
【数据集背景】
源站首次发布：2023-02-02。
【数据内容】
源站原始描述：人类肝癌，包括肝细胞癌和肝内胆管癌，通常诊断较晚，预后较差。更好地了解癌症的起源可以提供潜在的预防治疗并提高生存率。研究人类肝癌起源的模型基本上缺失。在这里，使用直接重编程的人类肝细胞（hiHeps）和p53和RB的失活，我们建立了具有肝脏结构和功能的类器官。对HiHep类器官进行基因工程，以模拟人类肝癌的最初变化。真正的肝细胞癌是通过过度表达c-Myc而发生的。c-Myc诱导的线粒体-内质网过度耦合促进了肝细胞癌的发生，似乎是预防性治疗的目标。此外，通过对人肝内胆管癌富集突变的分析，我们证明，Notch和JAK-STAT的联合抑制可以防止RAS诱导的肝细胞向肝内胆管细胞的谱系转换。总之，hiHep类器官代表了一个可以通过基因操纵来模拟癌症发生并识别潜在预防治疗的系统。
【主题与分类】
主题标签：肝癌、liver cancer、人、其他、Hepatocyte-like cell、Primary hepatocyte、转录组。
【获取与许可】
源站页面：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=63d9faa7e1c5ef47b8d34ded
使用许可：CC BY 4.0。
规范引用：35786.11.54e268394ae04fb4a673a4f2d02d0b81
下载信息
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源站：http://data.iscr.ac.cn/Article?id=63d9faa7e1c5ef47b8d34ded
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集聚焦于人类肝癌（包括肝细胞癌和肝内胆管癌）的起源机制研究。通过使用直接重编程的人类肝细胞（hiHeps）并结合p53和RB的失活，建立了具有肝脏结构和功能的类器官模型。研究对hiHep类器官进行基因工程改造，以模拟人类肝癌发生的最初变化，例如通过过度表达c-Myc诱导真正的肝细胞癌发生，并发现c-Myc诱导的线粒体-内质网过度耦合是肝癌发生的关键机制，可作为预防性治疗靶点。此外，通过对人肝内胆管癌富集突变的分析，证明Notch和JAK-STAT的联合抑制可防止RAS诱导的肝细胞向肝内胆管细胞的谱系转换。该数据集为利用类器官模型研究肝癌发生机制、识别潜在预防治疗策略提供了重要资源。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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